Si Little Skellig n'a jamais abrité que des colonies d'oiseaux de mer, Skellig Michael fut habitée dès le VII siècle. Une petite communauté de moines catholiques s'y est installée, vivant chichement de pêche et d’un peu de culture. Ils se sont construit des petites maisons de pierres plates (les capitelles), empilées en cercles, leur donnant un aspect de ruches, d'où leur nom en anglais de beehive hut (ceci est contesté, les ruches n'auraient pas été construites par les moines mais plus tard, vers 1400-1500). Relevés régulièrement par des bateaux venus de la grande île (l'Irlande), les moines ont entretenu ce sanctuaire pendant plus de cinq siècles.
Devenue un but de pèlerinage vers l'an 1200, la communauté de Skellig a disparu au profit de moines catholiques de l'abbaye continentale de Ballinskelligs qui organisait, quand le temps le permettait, des passages depuis la terre (île de Valentia ou Portmagee).
Vers 1800, l'idée d'un phare germe et l’île est rachetée par les Phares et Balises qui entreprend la construction de deux lanternes en 1826. Une seule reste au XX siècle. D'une portée de 27 milles nautiques, le phare fut automatisé en 1987 et, depuis cette date, plus personne n'habite Skellig Michael, mettant fin à plus de 1300 ans de présence humaine sur ce lieu mythique.
