L'île est conquise par l'Empire romain en 83.
Elle est ensuite soumise aux raids vikings et aux différentes vagues migratoires du Moyen Âge qui atteignent successivement l'Écosse : Scots, Angles, Saxons, Vikings,...
En 1707, l'île devient britannique avec la signature de l'Acte d'Union qui lie le Royaume d'Écosse à celui du Royaume-Uni.
Une légende raconte que le village suisse de Stäfa fut nommé ainsi par un moine de l'île d'Iona.
Aujourd'hui, l'île est inhabitée mais attire de nombreux touristes qui viennent pour admirer les paysages, les cavernes et les macareux.
En 2005, l'île a été désignée comme la 8e merveille naturelle du Royaume-Uni par les auditeurs de Radio Times.