Après analyse des boîtes noires, il apparaîtrait que le crash de l'avion soit dû à un défaut de pressurisation de l'appareil. Au fur et à mesure de l'ascension de l'avion l'oxygène est venu à manquer. Les masques jaunes en cabine se sont déroulés automatiquement. Les pilotes, ayant leurs capacités diminuées par le manque d'oxygène (Hypoxie), ont confondu l'alarme de dépressurisation et celle de configuration décollage, ils n'ont pas mis leurs masques à oxygène et ont continué leur ascension ce qui a mené à leur évanouissement laissant ainsi l'avion voler seul sur pilote automatique. Une vérification des jauges de pression extérieures et en cabine auraient pu éviter cette catastrophe.
Il semblerait que la plupart des passagers étaient dans le coma pendant le vol et sont morts au moment de l'impact. Des témoins, sur place, ont vu des passagers qui portaient encore leur masque à oxygène.
Quelques jours avant le crash, une des portes de l'avion s'était mise à trembler en vol et de la glace avait été remarquée sur la poignée. Le jour du crash, des mécaniciens ont fait un test de pressurisation et ont placé la manette de pressurisation sur manuel (ce qui permet de pressuriser la cabine avec les moteurs éteints). Mais une fois le test terminé, ils ne l'ont pas remise sur automatique. Lors de son ascension, l'avion n'a pas été pressurisé et l'oxygène est venu à manquer. L'avion qui était sur pilote automatique s'est écrasé après avoir épuisé ses réserves de carburant.
Il apparait que la personne qui s'est installée aux commandes était Andreas Prodromou, un steward. Il a envoyé cinq Mayday à la radio mais celle-ci était probablement encore branchée sur Larnaca, l'aéroport de départ. Il a pu rester conscient plus longtemps vu qu'il disposait de bouteilles à oxygène d'une plus grande autonomie.
