La ville de Zaprešić est mentionnée pour la première fois en 1334. En revanche, des vestiges d'époque romaine ont été retrouvés à Brdovec. À cette époque, la voie romaine Emona (Ljubljana)- Neviodunum (Drnovo en Slovènie)- Siscia (Sisak) passait à cet endroit. En outre, près de Brdovec, un pont franchissait la Save, reliant la route locale passant près de Sutla à la voie Emona-Siscia.
En 1094, Ača, le conseiller du roi de Hongrie Ladislas I, reçut en cadeau la région située à l'est et à l'ouest de Medvednica. Ces terres, qui furent plus tard érigées en comté, s'étendaient depuis la Save jusqu'à Sutla. Aux XV et XVI siècles, de nombreuses populations vinrent s'y installer, fuyant les troupes ottomanes. Ils y apportèrent le dialecte icavien, typique de la ville encore aujourd'hui.
En 1573, les serfs se soulevèrent contre leurs seigneurs. Un de leur chefs était Ilija Gregorić, originaire de Marija Gorica. À la fin du XVI siècle, plusieurs petits comtés se formèrent dans la région et, aux XVII et XVIII siècles, la noblesse locale se fit construire une série de petits châteaux, dont certains existent encore aujourd'hui.
Avec le temps, Zaprešić devint un carrefour important pour le transport national et international. La première ligne ferroviaire de Croatie traversait la ville.
