Ce comité a proposé une nouvelle classification, remplaçant celle des anciens Protistes et tenant compte des phylogénies moléculaires récentes. Elle regroupe les Eucaryotes en six groupes réputés monophylétiques. Voici ce qui concerne les Apicomplexa. C'est manifestement une classification considérée comme transitoire.
▲ └─o Apicomplexa ├─o Colpodellida ├─o Aconoidasida (paraphylétique) │ ├─o Haemospororida │ └─o Piroplasmorida └─o Conoidasida (paraphylétique) ├─o Coccidiasina (paraphylétique) └─o Gregarinasina (paraphylétique)