Commencé en 1280, l'édifice gothique actuel couvert de voûtes d'ogives fut achevé dans la première moitié du XIVe siècle lorsqu'on dressa la façade. Après avoir subi diverses restaurations et plusieurs remaniements au XIXe siècle, la cathédrale Saint-Bénigne est parvenue à nous non sans grands dommages. L'actuelle crypte de la cathédrale est en fait l'étage inférieur de la rotonde, détruite en 1792.
Cette cathédrale fait l'objet d'un classement au titre des monuments historiques depuis 1862.
Sa crypte fait l'objet d'un classement au titre des monuments historiques depuis 1846.
Histoire de l'abbaye
Plan de la crypte de la cathédrale Saint-Bénigne, d'après Viollet-le-Duc
Isaac, évêque de Langres, fut le véritable fondateur de l’abbaye Saint-Bénigne de Dijon. Par une charte de 871, il crée le monastère sous la direction du chorévêque Bertilon, au-dessus d'une crypte datant du VIe siècle. La règle de saint Benoît y est adoptée. On constitue les biens temporels nécessaires pour la subsistance des moines.
Isaac fit restaurer la basilique. La chapelle Sainte-Marie est une trace encore visible de cette campagne de restauration; la chapelle terminale de l’église souterraine est signalée dès 938. Elle possède une salle presque carrée (4,70 m x 4,25 m x 3,70 m de hauteur) voûtée en plein cintre. Trois baies juxtaposées sont ouvertes dans l’axe de la pièce; les baies actuelles ont été restaurées en 1890. La chapelle est sans décoration. Sur la paroi nord, des pierres anciennes avec entrelacs carolingiens ont été enchâssées au XIXe siècle, tout comme la dalle tombale dans le mursud, il s'agit de la dalle du moine Turpericus, de l’époque mérovingienne. La basilique restaurée par Isaac est totalement rasée en l’an 1000.
L'orgue de la cathédrale
Orgue de la cathédrale
Construit de 1740 à 1745 par les frères Riepp, originaires d'Ottobeuren en Souabe, l'orgue de l'abbaye bénédictine Saint-Bénigne était le plus important alors réalisé en province, avec son jeu de montre de 32 pieds au clavier de Grand Orgue. Karl-Joseph Riepp construisait dans le style français ; on lui doit aussi l'orgue de Dole et les orgues de l'abbaye d'Ottobeuren où il a réalisé plus tard une synthèse des styles français et allemand. En 1787, Jean Richard, de Troyes, reconstruisit l'instrument : l'étendue des claviers passe de 51 à 54 notes, les sommiers sont changés, le plein-jeu est augmenté de deux rangs et le chœur d'anches est refait à neuf.
Après les restaurations de 1846-1848 par Daublaine Callinet et celles de 1860 par Joseph Merklin, l'orgue a conservé la majeure partie de son matériel sonore, bien que les jeux de tierces aient disparu au profit de jeux de fonds et que le 32 pieds ait été transféré à la pédale. Ce n'est qu'en 1953 qu'une grande restauration, effectuée sous le contrôle de la commission des orgues historiques (Félix Raugel) par les établissements Roethinger, transforme l'instrument qui est équipé d'une transmission électropneumatique, recomposé sur trois claviers et pédalier, et réharmonisé dans le style néoclassique par Robert Boisseau.
La restauration effectuée de 1987 à 1996 par Gerhard Schmid a regroupé dans les buffets anciens l'orgue tel qu'il était composé à la fin du XVIIIe siècle avec en plus un plan de récit expressif, situé derrière le grand buffet, et qui regroupe les jeux du XIXe siècle et ceux de Roethinger. L'instrument qui a retrouvé son 32 pieds manuel comporte cinq claviers et compte 73 jeux. La transmission est mécanique pour les notes et le tirage des jeux qui est doublé par un tirage de jeux électrique associé à un combinateur. La Composition du grand orgue restauré est la suivante: