Avec le temps, l'ESOC a développé nombre de logiciels pour le pilotage des différentes missions qu'il a dû superviser. Bien que chaque mission soient spécifiques, il a été possible de réutiliser certains logiciels d'une mission à l'autre, ce qui a permis de réduire les coups de fonctionnement. Le développement de tel logiciel a débuté dans les années 1970 avec le Multi-Satellite Support System (MSSS) qui est utilisé durant plus de 20 ans. Au milieu des années 1980 est développé son successeur le Spacecraft Control and Operations System (SCOS), qui lui même évolue vers le SCOS-2000. Ce dernier est utilisé pour la première fois pour le contrôle de la mission MSG-1 en août 2002. Depuis, toutes les missions de l'ESA dont le lancement est postérieur à cette date utilisent ce logiciel.
La partie simulation est également prise en compte via le développement de SIMSAT. À eux deux, ils forment la suite ESA Ground Operations Software (EGOS).