Le domaine produit également un second vin, le Pavillon Rouge de Château Margaux, ainsi qu'un vin blanc appelé Pavillon Blanc qui ne peut prétendre à l'appellation Margaux, restreinte aux vins rouges. Il possède donc une appellation Bordeaux AOC générique.
Les sols sont constitués par des graves günziennes moyennes et fines, d'origine garonnaise ancienne et d'une épaisseur de 4 à 11 m. Les graves sont parfois mêlées d'argiles. La légende dit que la densité des graves du sol y est tellement grande qu'elle permet d'y creuser un puits sans empierrage. Dans les parties basses, on trouve des zones calcaires, de la molasse de Plassac.
Le vignoble représente 87 ha réservés aux vins rouges pour une production annuelle avoisinant les 200 000 bouteilles. L'encépagement est classique en cabernet-sauvignon (75%), merlot (20%), cabernet-franc et petit verdot (5%). 12 hectares sont plantés en sauvignon blanc destiné au vin blanc Pavillon Blanc de Margaux.
Ernest Hemingway aimait tellement le vin de château Margaux, qu'il prénomma en hommage une de ses petites-filles Margaux Hemingway, et non Margot.
Margaux donne son nom à une nouvelle de l'auteur japonais Ryū Murakami dans laquelle il décrit les états d'âmes de la protagoniste qui repense à ce vin.
Parmi les plus récents, les meilleurs millésimes sont 2003, 2000, 1996, 1990, 1989, 1985, 1983 et 1982. 2005 apparaît comme un très grand millésime au potentiel égal ou supérieur au millésime 2000. Des millésimes de légende ont fait la réputation du cru tels que le Château Margaux 1900, 1928, 1937, 1945 ou l'exceptionnel « 1961, un vin bâti pour l'éternité ».