Mais, malgré tous ces efforts de modernisation, les bâtiments les plus anciens de Gaston Bourret doivent être évacués pour raison de sécurité en 2005. La solution à apporter à ce problème a donné lieu à un vif débat politique entre le parti au pouvoir, l'Avenir ensemble, partisan de la construction d'un nouvel hôpital sur un autre site, et le RPCR (le membre du gouvernement du Territoire chargé de la Santé est issu de ses rangs), qui lui prône l'agrandissement de Gaston Bourret sur le parking de l'hôpital. Finalement, la ministre de la Santé (RPCR) Marianne Devaux est écartée du dossier et c'est l'option de l'Avenir ensemble qui est acceptée. Ainsi, la construction d'un médipole dans la banlieue nouméenne de Koutio, dans la commune de Dumbéa, est prévu, comprenant un hôpital de 650 lits sur un site de 75 000 m mais aussi un centre de moyen séjour, un centre de cancérologie, l'Institut Pasteur et un hôtel hospitalier. Pour autant, l'hôpital Gaston Bourret ne sera pas fermé et, en attendant la construction du nouveau centre, des constructions ont été entamées sur son site pour parer au plus pressé. Il s'agit du bâtiment H (34 lits de pneumologie) et du bâtiment N (90 lits de chirurgie et de cardiologie, laboratoire de biochimie). Les deux bâtiments ont été mis en service en 2006, et le dernier, un préfabriqué, a été construit en 9 mois. Sinon, l'ouverture d'une salle d'imagerie vasculaire et cardiologique est prévue pour 2007.