Une fois au pouvoir, le gouvernement libéral de Jean Lesage ne perd pas de temps et forme une commission royale d'enquête sur l'administration de l'Union nationale, le 5 octobre 1960. Présidée par le juge Élie Salvas, de la Cour supérieure du Québec, la commission reçoit le mandat de faire une enquête sur la corruption et le favoritisme qui avaient eu cours au gouvernement sous le régime duplessiste, y compris les agissements des proches de Maurice Duplessis dans l'affaire du gaz naturel.
Immédiatement, Daniel Johnson, s'insurge contre l'existence de cette commission, une tactique diffamatoire destinée à salir l'image de l'Union nationale, soutient le chef de l'Opposition qui accuse les libéraux de faire de même lorsqu'ils sont au pouvoir.
Après deux ans d'enquête, le juge remet un premier rapport, le 1 août 1962, ainsi qu'un rapport final en janvier 1963. La commission y conclut que les pratiques d'achat du gouvernement Duplessis avaient servi à financer une caisse électorale occulte servant aux organisateurs de l'Union nationale pour rémunérer les services rendus au Parti dans les différentes régions du Québec.
La commission Salvas blâme sévèrement les ministres et fonctionnaires qui ont profité d'informations privilégiées pour mettre la main sur des actions de la Corporation de gaz naturel et recommande l'adoption d'une loi empêchant de tels abus.
Les rapports dévoilent aussi le fait que des ministres et autres dirigeants de l'administration précédente ont fait des profits de 50 000 CAD, grâce à leurs transactions sur le titre de la Corporation du gaz naturel du Québec. Elle conclut que ces opérations étaient contraires à « la morale et l'ordre public ». Le rapport de la commission conduira à la mise en accusation de trois personnes dans l'affaire du gaz naturel, dont deux ex-ministres.