Un coronavirus découvert chez une chauve-souris brésilienne possède une caractéristique qui rappelle de près celle du SARS-CoV-2.
Le virus a été identifié chez une chauve-souris de l'espèce Pteronotus parnellii prélevée au Brésil. Les chercheurs ont pu reconstituer son génome complet, autrement dit l'ensemble de ses instructions génétiques. Ils l'ont ensuite comparé aux coronavirus déjà connus afin de déterminer sa place dans leur grande famille.
Une chauve-souris Pteronotus parnellii photographiée au Mexique.
Crédit : Lily_Trujillo, CC BY-SA 4.0, via Wikimedia Commons.
Le résultat indique une parenté avec les groupes répertoriés. Ce virus appartient aux bétacoronavirus, comme le SARS-CoV-2 responsable du Covid-19 et le virus du MERS. Il est toutefois assez différent des cinq sous-groupes reconnus pour que les auteurs proposent de le placer dans un nouveau sous-genre.
Un détail de sa protéine Spike a surtout attiré l'attention. Cette protéine forme les pointes à la surface du coronavirus et intervient lors de l'entrée dans une cellule. Avant de fonctionner pleinement, certaines protéines Spike peuvent être coupées à un endroit précis par une enzyme présente chez l'hôte, appelée furine.
Le virus brésilien possède justement un site où la furine peut effectuer cette coupure. À cet endroit, sa séquence est notée RDAR. Celle du SARS-CoV-2 est RRAR : une seule des quatre unités qui composent ce court motif diffère. Les expériences des chercheurs confirment que le site du nouveau virus peut effectivement être coupé par la furine.
Cette ressemblance ne signifie pas que les deux virus ont les mêmes capacités. La possibilité d'infecter une personne dépend de nombreux autres éléments, notamment de la faculté du virus à reconnaître les cellules humaines et à s'y multiplier. L'étude ne rapporte aucune infection humaine provoquée par ce coronavirus de chauve-souris.
Pour comprendre l'origine de cette particularité, les scientifiques ont comparé la structure de plusieurs protéines Spike. D'autres bétacoronavirus de chauves-souris possèdent eux aussi des sites de coupure situés au même endroit. Cette zone semble donc pouvoir accueillir de telles séquences au cours de l'évolution sans empêcher la protéine de fonctionner.
Cette découverte apporte aussi des données rares sur les coronavirus d'Amérique du Sud. Leur diversité génétique reste moins documentée que celle des virus étudiés en Asie, en Afrique ou en Europe. Échantillonner davantage d'espèces et de régions permet de mieux connaître les formes déjà présentes dans la nature.
Les chercheurs doivent maintenant déterminer les propriétés biologiques de cette nouvelle lignée, au-delà de son génome et de son site de coupure. Ces travaux pourront notamment préciser quelles cellules elle peut infecter et si les caractéristiques observées jouent réellement un rôle dans son éventuel passage vers d'autres espèces.