Plan du centre de la ville d'Arles (2008); le monastère Saint-Césaire était situé au sud-est de la cité (en bas, à droite du plan), sur les hauteurs qui dominent l'intersection des boulevards Emile-Combes et des Lices.
L'abbaye Saint-Césaire, initialement appelée Monastère Saint-Jean, était un monastère de femmes installé à l'intérieur de la cité d'Arles dans l'angle sud-est du rempart où, sous le nom de Saint-Césaire, il demeura jusqu'à la Révolution.
Radegonde se retire, accompagnée du peuple, dans le monastère dédié à la Vierge qu'elle fonda à Poitiers sur le modèle du monastère Saint-Jean d'Arles. Vie de sainte Radegonde, XIe siècle. Bibliothèque municipale de Poitiers.
Le Monastère Saint-Jean est fondé le 26 août 512 par l'archevêque d'Arles, Césaire qui en nomme sa sœur Césarie, première abbesse. Ce monastère fait suite à une première tentative d'implantation hors de murs dans les années 506-507 détruite par les troupes franques et burgondes lors du siège d'Arles en 507-508. Un peu plus d'un demi-siècle plus tard autour de 567, une épouse du roi de Bourgogne Gontran, probablement Marcatrude ou Teutéchilde d'après Grégoire de Tours, y est enfermée. Le rayonnement du monastère et de ses premières abbesses permettent à Règle de Césaire de se diffuser largement dans le royaume des Francs, à commencer par le monastère créé à Poitiers par Radegonde, l'ancienne épouse du roi Clotaire, qui effectue un séjour à Arles vers 570. Le 12 août 632, l'archevêque d'Arles Théodose participe aux funérailles de sainte Resticula ou Resticule, la quatrième abbesse du monastère.
Le monastère paraît avoir cessé d’exister du VII siècle au IX siècle. Vers la fin des années 860, l'archevêque d'Arles Rotlang arrache de l'empereur Louis II, l'autorité sur le monastère. L'historien Jean-Pierre Poly, de son côté, précise et fait remonter cette propriété en l'an 869.
En 887, dans son testament l'archevêque Rostang, successeur de Rotlang, donne un nouveau départ à l’abbaye. Saint-Césaire possède à cette époque trois groupes de domaines : l’un près d’Arles, au Trébon et à Gallignan, et surtout en Camargue avec notamment Gimeaux, Malmissane, les Saintes, Ulmet, Agon, Saint-Césaire de Bozaringue, l’autre au comté de Vaison au nord avec Nyons, Vinsobres et Visan ; le dernier se trouvant dans le comté de Saint-Paul-Trois-Châteaux. L'abbaye connait ensuite une période de sujétion à l'archevêque et d'indépendance.
En 972, elle retrouve son autonomie sous la direction de l’abbesse Ermengarde nommée par l’archevêque d’Arles Ithier. Vingt ans plus tard, le marquis de Provence Guillaume Ier lui restitue d’importants domaines. En 1194, le pape Célestin III la replace sous son autorité directe.
Du VI siècle au XIII siècle, l'abbaye Saint-Jean apparait comme un grand propriétaire foncier doté initialement par Césaire puis par Rostan dans leurs testaments, et enrichi par des achats ainsi que de nombreuses donations. Ainsi en 972, la villa de Niomes est citée dans un acte de donation des églises Saint-Vincent et Saint-Ferréol de Nions à l'abbaye Saint-Césaire. Peu après 1060, la veuve d'Uc des Baux, Enaurs, et ses fils restituent les albergues qu'ils perçoivent sur la villa d'Agon en Camargue. L'abbaye possède aussi un des trois cimetières des Alyscamps comme l'évoque une sentence arbitrale de 1121 fixant les droits de sépulture respectifs avec celui de Saint-Honorat.
Au XIV siècle, l'abbaye se transforme en exploitant agricole dans ses domaines de Camargue (Agon, Granouillet) initialement en exploitation directe, puis au XV siècle, compte-tenu de l'insécurité et de l'accroissement des coûts de main-d'œuvre sous la forme de métayage ou de fermage à l'instar des Hospitaliers.
La crise démographique liée en grande partie aux épidémies de peste, qui fait perdre à Arles plus de la moitié de sa population entre 1320 et 1430, touche encore plus durement la communauté de moniales d'origine essentiellement arlésienne et noble, dont le nombre passe de 108 en 1343 à 22 en 1428. A cette époque, l'abbaye se heurte à plusieurs reprises à l'archevêque et est secouée par des conflits internes liés à la personnalité des moniales ainsi qu'à la discipline monastique qui se relâche sensiblement. Le problème ne semble toujours pas résolu à la fin du XV siècle, quand une moniale décide de quitter le monastère pour rejoindre une autre commauté à Aix, en raison de la légéreté des mœurs de l'abbaye.
En 1559, l'abbesse Marguerite de Clermont demande aux autorités de faire boucher le passage entre le monastère et le rempart de la ville en raison d'intrusions intempestives de jeunes gens venant faire scandales jusque dans l'enceinte du couvent. En 1628 l'archevêque du Laurens effectue une visite du couvent. Par la voix de son procureur, il juge nécessaire d'établir une prison afin de remettre les religieuses désobéissantes dans le droit chemin. Au milieu des années 1630, l'archevêque d'Arles Jean Jaubert de Barrault introduit la réforme bénédictine de Saint-Maur dans le monastère.
Sous la Révolution le couvent est fermé puis vendu en 1792 comme bien national. Il est alors détruit en grande partie.
En 1877 la congrégation des soeurs de Notre-Dame-des-Sept-Douleurs s'y implante et installe un hospice pour personnes âgées qui nécessite des travaux de réaménagement importants confiés à l'architecte arlésien Auguste Véran. Inauguré le 16 octobre 1898, le site devient l'hospice Saint-Césaire.
En 1995, les bâtiments sont définitivement abandonnés.