Cette acidification a plusieurs causes anthropiques identifiées :
- l'absorption de dioxyde de carbone atmosphérique d'origine anthropique. C'est la première cause identifiée, et probablement la plus importante ;
- l’azote anthropique lié à la circulation motorisée et au chauffage, source d'acide nitrique et d'ammoniac contaminant les pluies et les eaux de surfaces et marines, via l'atmosphère et les cours d'eau ;
- le soufre
Ces trois facteurs associés acidifient les eaux côtières plus rapidement que ne le prévoyaient les premières modélisations.
Environ six téramoles d’azote actif et deux téramoles de soufre seraient annuellement injectées dans l’atmosphère, ce qui est bien moins que les 700 téramoles de CO, selon une étude récente pilotée par Scott Doney (Woods Hole Oceanographic Institution, Massachusetts, USA). Cet azote aurait déjà sur certains littoraux un impact équivalent à 10 à 50 % de celui du CO. Ces zones sont toutes des zones importantes pour l'Homme (pêche, activité économique et touristique)
Il semble de plus que les estuaires et les zones mortes ne remplissent plus leurs rôles de puits de carbone que ces zones devraient jouer, et que l'acidification est un phénomène qui puisse — dans une certaine mesure — s'autoentretenir.