Alain Prochiantz travaille depuis le début des années 1980 dans le domaine de la neurobiologie moléculaire, notamment sur les processus de morphogénèse et de différenciation cellulaire nerveuse. Il réalise ses premiers travaux d'importance au Collège de France avec Jacques Glowinski sur le développement et la maturation in vitro des neurones dopaminergiques du mésencéphale. Son laboratoire ayant déménagé à l'École normale supérieure, il s'intéresse ensuite aux signaux moléculaires responsables de certains processus de morphogénèse neuronale et souligne en particulier dès 1991 le rôle des homeoboxes de certains facteurs de transcription (mais également de différentes protéines de la matrice extracellulaire comme la ténascine, les glycoaminoglycanes...) dans ces phénomènes. Comme cela était alors totalement admis dans la communauté scientifique, il propose que des cascades de régulation de gènes homéotiques (de la famille Hox) sont potentiellement impliquées dans de nombreuses étapes de la différenciation neuronale, de la croissance des neurites, de la polarité neuronale... Cependant, allant à l'encontre d'un certain nombres de connaissances, voire de dogmes dans le domaine de la biologie moléculaire, il rapporte que des domaines de facteurs de transcription, voire des protéines entière comme la protéine Hox5, peuvent être internalisés dans une cellule et émet dès lors l'idée de la possible sécrétion d'un facteur de transcription donné par une cellule nerveuse A pouvant être internalisé par une cellule B voisine et avoir un effet biologique sur celle-ci. Pour clairement démontrer cela, il s'intéresse avec son équipe à l'homéoprotéine Engrailed de la famille des gènes Hox impliquée dans la morphogénèse des structures cérébrales et démontre que celle-ci présente également une localisation intracellulaire dans les vésicules de sécrétion. La première publication clé soutenant cette théorie se fait en 1998 avec la démonstration in vitro qu'une grande proportion du facteur de transcription nucléaire Engrailed est effectivement sécrété dans le milieu extracellulaire par des cellules Cos et recapturé par les neurones en co-culture agissant comme potentiel messager peptidique intra-cellulaire. Il est intéressant de noter que ces articles ont été publiés dans de bons journaux de biologie mais pas de premier plan car les données étaient relativement contestées par la communauté scientifique. Ces découvertes prendront quelques temps pour être reconnues.
Alain Prochiantz continue ses travaux en génétique évolutive du développement et oriente ses recherches vers les aspects physiologiques de ses découvertes moléculaires fondamentales notamment pour la compréhension des processus de plasticité neuronale et de guidage axonal.