A la mort d'Horus, l'Alpha légion continua ses campagnes personnelles sans rencontrer d'opposition immédiate, poussant toujours plus loin les défis tactiques et cherchant les meilleurs adversaires. Ils infligèrent d'ailleurs de sévères défaites aux White Scars et aux Space Wolves .
Cherchant toujours à défier ses aînés, l'Alpha légion lança un défi à ses rivaux de toujours, les Ultramarines. L'affrontement entre les deux légions se déroula sur une planète isolée dans la bordure orientale. Roboute Guilliman mena lui même l'offensive sur le quartier général d'Alpharius. Les deux primarques s'affrontèrent et Guilliman triompha de son ennemi, privant ainsi l'Alpha légion de son commandement.
Les ultramarines s'attendaient à ce que l'Alpha légion se rende mais eurent la cruelle surprise de constater que le reste de la légion pouvait parfaitement se passer de son primarque et continuait le combat. C'est ainsi que les ultramarines se retrouvèrent englués dans un conflit face à un ennemi qui refusait toute forme traditionnelle d'affrontement. Aidés par les autochtones, l'Alpha légion démantela la force d'expédition ultramarine petit à petit et ils furent forcés d'évacuer la planète avant d'être anéantis.
Depuis, l'Alpha légion combat l'Imperium de l'humanité dans la clandestinité, opérant depuis des bases secrètes dissimulées dans tout l'univers. Elle a tissé un réseau d'espion infiltré dans toutes les couches de la société impériale et entretien des cultes chaotiques dès qu'elle en a l'occasion. Contrairement aux autres légions renégates, l'Alpha légion ne réside pas dans l'Oeil de la terreur. L'inquisition impériale en est arrivée à la conclusion que des spaces marines renégats sont créés et entraînés au cœur même des domaines de l'Empereur. L'Alpha légion se présente comme l'un des ennemis les plus dangereux de l'Imperium, véritable cancer qui n'attend que de se déclarer.
L'Alpha légion a adopté l'hydre comme emblème. Ce monstre symbolise la capacité de la légion à combattre alors que plusieurs de ses têtes ont été abattues.
Les marines n'ont pas de cris de guerre spécifiques. Comme ils utilisent la méconnaissance des citoyens impériaux pour se faire passer pour des Space marines loyalistes, ils se servent généralement de cris impériaux comme « Pour l'Empereur » afin de mieux déconcerter leurs victimes.