Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Amniota (ou Amniotes), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre les différents groupes (ou taxa) d'organismes vivants. Du fait de ses méthodes nouvelles basées notamment sur la biologie moléculaire, la phylogénie, science récente à l'origine de la classification phylogénétique du vivant, est en plein essor et propose parfois des résultats en contradiction avec l'ancienne classification uniquement basée sur des critères morphologiques et physiologiques. Aussi certains points particuliers font-ils encore l'objet de débats au sein de la communauté scientifique. L'objectif, s'il y a lieu, est également de présenter ces derniers ici.
Ce cladogramme mentionne aussi bien les groupes encore représentés dans la nature actuelle que ceux qui sont éteints (il inclut donc les groupes fossiles).
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
Le consensus est aujourd'hui établi sur la division des Amniotes en deux groupes monophylétiques : celui au sein duquel prennent place les Mammifères auprès des Reptiles mammaliens dont ils sont issus, et celui qui rassemble les « autres » Reptiles, parmi lesquels, chez les Archosauriens, les Oiseaux (issus des Dinosaures) et les Crocodiliens sont des groupes frères dans la faune actuelle.
Néanmoins la place des Tortues dans le second groupe reste aujourd'hui sujette à caution. Sont-elles des Anapsides (cf. le cladogramme ci-dessus) ? Sont-elles plutôt des Diapsides ? Et dans ce cas, sont-elles le groupe frère des autres Diapsides, ou bien plus proches parentes des Lépidosauriens (voir ci-dessous) ? Voire des Archosauriens ?
