L'archipel est un morceau de la plaque australienne, détachée du supercontinent Gondwana au Crétacé (il y a environ 70 millions d'années), et dont la formation s'est faite par une série de plissements de la plaque, dont le dernier s'est produit aux âges éocène et oligocène (entre environ 53 et 26 Ma), expliquant la multiplicité des types et âges de sol : à la fois formations sédimentaires et volcaniques s'étalant du Permien (299 à 251 Ma) au Tertiaire (entre 65 et 1,5 Ma).
Les transformations géologiques de la fin du Tertiaire ont permis à l'archipel d'avoir l'un des plus importants ensembles de roches ultramafiques ou ultrabasiques (péridotites, qui s'étendent sur 5 500 km dans le tiers sud-est et certaines zones le long de la côte ouest de la Grande Terre tout en formant la totalité des îles Belep et la quasi totalité de l'île des Pins) au monde, derrière celui d'Oman, et est à l'origine de la richesse particulière en nickel du sous-sol. Ces péridotites sont nées de l'obduction du manteau poussé au-dessus des autres terrains lors du dernier plissement. S'y ajoutent des substrats basaltiques issus d'une obduction antérieure du plancher océanique sur la côte ouest de la Grande Terre (essentiellement la nappe dite de Poya). Enfin, les conditions extrêmes de températures et de pressions causées par les collisions de plaque ont transformé une partie des roches sédimentaires et magmatiques par métamorphisme, essentiellement dans le nord-est de l'île principale (unités du Diahot et de Pouébo) mais aussi dans une bonne partie du sud-est (serpentinites nées du métamorphisme hydrothermal des péridotites), créant des schistes et micaschistes ainsi que des schistes bleus en importantes quantités.
Il est à noter que l'ensemble de l'archipel formait une île unique durant la glaciation de Würm au Pléistocène à la fin du Quaternaire (entre 115 000 ou 75 000 BP et 10 000 BP), l'abaissement du niveau de la mer né du refroidissement et de l'augmentation de la masse des glaciers ayant permis l'émersion du plateau récifal, qui s'est de nouveau retrouvé immergé après la fin de l'ère glaciaire. La barrière de corail témoigne d'ailleurs de l'emplacement des anciens rivages de cette vaste terre.