L'île a été approchée une première fois par James Cook en 1774, lors de son second voyage en Nouvelle-Zélande. Cook y aperçut des fumées qu'il attribua à une occupation humaine, et donna son nom à l'île en raison de la présence abondante de Pin colonaire (Araucaria columnaris) aux hautes silhouettes élancées caractéristiques.
Lors de la déportation des insurgés de la Commune de Paris, la partie ouest de l'île leur fut affectée. Les déportés furent répartis dans cinq communes. La plus connue est la première, celle d'Ouro. C'est dans cette commune que se trouvent les ruines du bagne envahi par la végétation tropicale. Il n'y a que le château d'eau qui reste en bon état car il a été rénové en 2005 lors des journées du patrimoine, il a toujours été en service, même si l'eau vient à présent directement du captage et non plus du canal à ciel ouvert creusé par les déportés. Ce canal à ciel ouvert fait cinq kilomètres à flanc de colline du captage de la Ouinteureu, jusqu'à Ouro. Les forçats étaient enchaînés aux murs de leur cellule. Les déportés simples avaient leur liberté de mouvement.
Dans la cinquième commune, qui se trouve tout à fait au nord de l'île sur les terres de la tribu de Gadji, furent assignés les kabyles du Pacifique.
L'île des Pins est également connue pour ses vestiges préhistoriques: on y a ainsi retrouvé des poteries Lapita au lieu dit « Vatcha » dans le village de Vao, antérieures à l'ère chrétienne, des peintures rupestres ainsi que plus de 400 tumulus dans le centre de l'île dont on ne sait s'ils sont d'origine humaine ou naturelle.
Depuis 1980, l'île est jumelée avec Matsushima au Japon.
L'émission-jeu française de télé réalité Les Aventuriers de Koh-Lanta (saison 5) a eu lieu en 2005 sur des îlots proches de l'île des Pins.
