Certains coraux comme le corail rouge ont d'abord été menacés par leur exploitation pour la bijouterie, puis ils ont été victimes à la fin du XXe siècle du chalutage dans les zones froides et du plateau continental. Il s'y ajoute un dépérissement, à échelle planétaire, dit blanchissement des coraux, le corail perdant sa couleur suite à l'expulsion des zooxanthelles avec lesquelles il vit normalement en symbiose. Les causes encore mal comprises du blanchissement peuvent résulter de la conjonction de l'eutrophisation, la pollution, l'acidification de l’océan, les pesticides, les engrais, la turbidité de l'eau ou du réchauffement, voire d'un début de montée trop rapide des océans, ou localement de la présence de polluants issus de Munitions immergées, chacun de ces facteurs prenant une part plus ou moins importante selon la situation géographique. Certaines espèces peuvent survivre quelques mois après avoir expulsé leurs zooxanthelles (3-4 mois à Mayotte ; 7 mois en Floride).
On a localement constaté une recolonisation par les zooxanthelles de coraux blanchis. La mortalité est considérée comme certaine quand une colonie blanchie a secondairement été recouverte par un feutrage d’algues filamenteuses, après quelques semaines ou mois. Les Acropores semblent les plus sensibles au blanchissement (30 % sont morts en 1991 dans l’Archipel de la Société).
En mer de Java, le taux de mortalité était de 80 à 90 % après l’épisode ENSO de 1983.
Fin 2006, au moins 40% des coraux de Martinique sont morts du blanchiment observé en 2005. Enfin, certaines études(probablement à confirmer) indiquent que les produits de protection solaire utilisés par les baigneurs seraient également responsables de la destruction des coraux, et ceci pour une part non négligeable. De plus, il est estimé que 32 à 72% des poissons des récifs des Caraïbes ont disparu entre 1955 et 2007 , avec une réduction du stock de 2.5 à 6% par an depuis 1995
