L'île de Basse-Terre abrite encore quelques paysages à haut degré de naturalité et biocénoses typiques des milieux originels de la Caraïbe, en altitude, et le long de quelques cours d'eau, mais la pression anthropique ne cesse de croître.
Le milieu sous-marin est resté mal étudié jusque dans les années 1970, mais depuis 30 ans, une centaine d'études du milieu marin guadeloupéen a montré qu'il abritait une grande richesse écologique, mais en voie rapide et accélérée de dégradation. Des biocénoses très différentiées colonisent naturellement les rivages et fonds marins jusqu'à - 30 m environ ; selon qu'ils sont durs, détritiques ou meubles et selon leur profondeur. Ces habitats ont aussi des caractéristiques modelées par leur exposition au vent, vagues, courant, soleil, et par l'inclinaison du plateau continental.
Les principales biocénoses et habitats sont :
- les mangroves, à palétuvier rouge (Rhizophora mangle) souvent dégradées ou disparues à proximité des zones urbanisées et/ou agricoles
- les récifs bioconstruits
- les fonds rocheux couverts de coraux (mais non bioconstruits), qui dans les Petites Antilles sont généralement encore plus riches en biodiversité que sur les côtes américaines atlantiques
- les fonds détritiques, qui accueillent des spongiaires, gorgonaires, anthipataires, hydraires...
- les vases et/ou galets réputés de moindre intérêt écologique (peuplements de gorgonaires), mais assez peu étudiés, sauf sous les mangroves.
- Les herbiers sous-marins de phanérogames, qui en Guadeloupe couvrent normalement les fonds sédimentaires des lagons ou baies sableuses non pollués. Ces herbiers associent souvent deux phanérogames : Thalassia testudinum qui pousse de 0 à 10 m de fond, formant de véritables prairies sous-marines, grasses et denses, abritant un grand nombre d'espèces. On trouve aussi Syringodium filiforme qui évoque les herbiers européens de posidonies, formant des prairies aux feuilles plus fines et clairsemées, mais poussant bien plus profondément (jusqu'à 30 m de fond) grâce à la clarté des eaux caribéennes. Syringodium filiforme est plus résistante aux pollutions et impacts des activités humaines, mais présente une biomasse très inférieure à surface égale. Des Halophila et Halodules colonisent normalement les estuaires là où l'eau est saumâtre). Par mer calme, les herbiers sont clairement visibles du ciel jusqu'à 20 m de profondeur. Thalassia testudinum est considérée comme le meilleur bioindicateur et l'état climacique de l'herbier guadeloupéen.
Les herbiers sont moins médiatisés que les coraux, mais ils sont un habitat essentiel, irremplaçable nurserie pour de nombreuses espèces dont d'oursins commercialisés (Tripneustes ventricosus), de Strombus ( Strombus gigas, ou « Lombi », bien connu des touristes, mais en régression).
À 50-60 m de fond et jusqu'aux tombants (bord du plateau continental), les coraux cèdent la place aux associations d'espèces plus adaptées aux fonds meubles et/ou détritiques (vers marins, holothuries..). Au-delà est le domaine moins connu des espèces des profondeurs, présentes à faible densité dans les eaux très noires et oligotrophes.
Les activités humaines sont devenues l'un des déterminants de la qualité, voire de la survie des biocénoses sous-marines, surtout celles qui sont proches des communes, des estuaires, des bananeraies et culture de canne à sucre et des zones de pêche ou de débarquement du poisson. Elles sont les plus exposées aux rejets anthropiques en mer et à l'exploitation de la mer par l'homme. Elles sont dans toute la caraïbe et notamment en Guadeloupe aujourd'hui toutes dégradées, et pour les coraux ; marquées à plus de 50 % par l'apparition de nécroses, le blanchiment, la mort de coraux. Le recul des herbiers et/ou l'envasement et/ou l'apparition de macro-algues molles sur ces fonds est également jugé préoccupant par les experts.
Coraux : Le littoral atlantique de basse-terre abrite des formations bioconstruites frangeantes, presque toutes d'origine corallienne (de Pointe-à-Pitre à Capesterre Belle Eau). La côte caraïbe de la Basse Terre, pour des raisons probables d'exposition (vent-courant) ne possède pas de tels récifs, mais des fonds rocheux supportant d'autres communautés coralliennes dont la biodiversité est encore plus élevée, en particulier près de la Pointe Lézarde et des îlets Pigeon (région de Bouillante).
Dans les années 1980-1990, on comptait 5 591 hectares de peuplements coralliens (au sens large du terme), dont 604 hectares bioconstruits. Ces zones d'importance écologique majeure sont réputées sensibles au risque climatique et à l'acidification de l’océan, mais à court terme ce sont la pollution, l'eutrophisation et l'hypersédimentation qui les menacent ou les tuent. Les évaluations récentes (des DIREN Guadeloupe et Martinique, du Laboratoire de biologie marine de l'Université des Antilles et de la Guyane, de l'Observatoire du milieu marin de Fort-de-France, dans le cadre du programme Ifrecor (Initiative française pour les récifs coralliens) montrent par exemple que 67 % des herbiers de Thalassia et 76 % des biocénoses coralliennes sont dégradés ou très dégradés dans le Petit Cul-de-Sac marin de la Basse-terre. Autour de la Basse-terre, 39 % des zones coralliennes étaient dégradées ou très dégradées, surtout face à l'embouchure de la Petite Rivière à Goyave, où le herbiers sont également très dégradés, alors que la zone corallienne la mieux conservée est à l'opposé sur le récif de la Caye à Dupont. Certaines zones comme le Petit-Bourg sont envasées, mais conservaient de beaux herbiers en bonne santé (sur 128,5 hectares).
Pour le sud de la côte au vent, et la côte sous le vent, il ne reste plus aucune zone où l'on a pu retrouver des biocénoses en très bonne santé ; la moitié des peuplements corraliens sont dégradés, 6 communes sur 10 sont plus gravement touchées. Les zones les plus dégradées sont celles de Deshaies, Pointe-Noire, Bouillante-Nord (les biocénoses sont en meilleure santé, sans être optimale au sud de la commune) et Vieux-Habitants. La situation étant la pire à Baillif et Basse-Terre et Gourbeyre. Les îlets Pigeon (en face de Malendure, à Bouillante) ou le site de Trois-Rivières conservent des habitats sous-marins remarquables, mais toujours soumis à risques de pollution et dégradation.
Origine des dégradations : Selon un rapport de la DDE (Seguin, 1994), les principale sources de pollution sont les distilleries (83 % de la DBO exportée en mer, soit 400 000 équivalents-habitants, avec un taux de traitement pire que pour les habitants (seul 1/3 des effluents serait - partiellement - traité, hormis pour une distillerie ayant installé une unité de méthanisation), élevages industriels ou semi-industriels (porc, volailles, qui seraient responsables de plus de 99% des nitrates et phosphores) et les abattoirs (dont celui de Baillif), responsables de 79 % des graisses rejetées dans la nature.
Les stations d'épuration, dont plus de 50 % dysfonctionnaient, et probablement les mini-stations ou micro-stations défaillantes ; les rejets directs d'effluents industriels et d'eaux usées ou d'eau de ruissellement urbain en mer, les carrières (matières en suspension) et divers autres pollutions classiques par les garages, particuliers, agriculteurs/pesticides-engrais, décharges, etc., ce à quoi il faut ajouter la pression de pêche et l'impact des antifoolings et ancres des bateaux et rejets directs de matière organique (déchets de poissons, excréments, appâts non consommés, etc). Les zones les plus à risque au regard de la pollution sont Petit-Bourg,qui abrite les récifs les plus importants du Petit-cul-de-sac-marin, Capesterre-Belle-Eau dont les récifs littoraux sont menacés, Trois-Rivière où les coraux sont déjà dégradés, Bouillante (2 décharges sauvages, et importante flottille de pêche), Pointe-Noire (deux décharges sauvages, et nombreux rejets d'eau usées ou de ruissellement urbain en mer (Diagnostic écologique et des pressions anthropiques)]
Perspectives : L'Initiative française pour les récifs coralliens (IFRECOR) a permis d'affiner le diagnostic mais a eu peu d'impacts concrets encore, et le SMVM (Schéma de mise en valeur de la mer) en cours prévoit l'extension de 6 ports existants, et la création de plusieurs nouveaux ports polyvalents (Bouillante, Deshaies) et d'un port de pêche, à Bananier) est également prévue.
