L'argon dans une boîte à gants est pompé à travers une série de dispositifs qui le débarrasse des traces de solvants, d'eau et d'oxygène. Pour cela, du cuivre finement divisé et chauffé (ou un autre métal) est souvent utilisé pour enlever l'oxygène dans une colonne. On régénère cette colonne en passant un mélange hydrogène/azote et en chauffant. Pour enlever l'eau de l'azote, il est courant d'employer un tamis moléculaire, dont les pores piègent l'eau.
Les boîtes à gants dotés d'une atmosphère inerte sont utiles aux chimistes organométalliques pour transférer des solides séchés d'un container à un autre. Une rampe à vide est une alternative à l'utilisation de boite à gants dans ce cas.
Par contre, les solvants organiques peuvent attaquer les joints en plastique, ce qui constitue une menace pour le confinement. Il est également possible que l'oxygène et l'eau diffusent à travers les gants. Les boîtes à gants sous atmosphère inerte sont souvent maintenues à une pression supérieure à la pression atmosphérique, ainsi les petites fuites s'effectuent de l'intérieur vers l'extérieur et les substances à protéger à l'intérieur sont préservées.