La centrale n'a jamais déclaré d'accident ou d'incident grave liés à d'importants rejets radioactifs ou d'autres substances toxiques.
Des impacts environnementaux chroniques existent cependant, liés à :
- l'augmentation de la température de l'eau en aval du canal de rejet, mais on estime qu'au-delà d'une zone d'environ 1km, l'eau chaude est rapidement diluée dans le milieu et ses effets thermique ne sont plus perceptibles. En période de canicule et au moment de la renverse des courants, l'effet peut cependant être localement plus important.
- les impacts du biocide chloré utilisé pour tuer les organismes vivant (moules, huîtres, patelles, algues fixées, etc.) qui seraient susceptibles (surtout quand la température de l'eau dépasse 10 °C) de se fixer sur les installations et dans les circuits, en particulier sur les pales de pompes.
Le débit d'eau ainsi traitée est de 240 m/seconde, à raison de 0,8 mg de chlore actif par litre (le gestionnaire doit veiller à ce que le taux de chlore ne dépasse pas 1 mg/l), soit l'équivalent de 50 tonnes/jour d'eau de Javel. Pour éviter de devoir transporter et stocker de grandes quantité de ce produit dangereux, le chlore est produit sur place par électrolyse de l'eau de mer (via le chlorure de sodium, de calcium ou de magnésium) et injecté dans l'eau, dans le circuit de chaque tranche, sous forme d’hypochlorite de sodium, avec une surveillance par l'Institut Pasteur. Des bromoformes (950 kg par 24 h) et des oxydants (5,7 tonnes par 24 heures) ou super-oxydants résiduels sont ainsi produit (un peu dans l'air, mais surtout dans l'eau), toxiques pour la faune et la flore marine tant qu'ils ne sont pas largement dilués ou évaporés. L'hypochlorite résiduelle réagit rapidement avec les bromures dissous dans l’eau pour former du brome qui et lui-même un oxydant qui va réagir avec la matière organique (morte ou vivante) présente dans l’eau en formant des sous-produits plus stables et moins actifs. Parmi les sous-produits chlorés trouvés dans le rejet, les bromoformes sont les plus présents (88,24 %) à une concentration moyenne de 18,8 μg/litre, les autres produits intermédiaires suivis et quantifiés étant du Chloroforme (traces), du DiChloro-bromo-méthane (1,53 % des chlorés rejetés), du Chloro-dibromo-méthane (0,23 %). Des bromo-phénols et de nombreux autres sous-produits peuvent se former (Le 2-4-6 tri-bromo-phénol a été détecté à des taux de 0.01 à 0.2 μg/litre).
Selon l'Institut Pasteur, le taux de chlore (produite le plus toxique) ne dépasse pas 0,1 mg/l en aval du canal de rejet. L'impact écologique du chlore et du devenir de la nécromasse ainsi constituée, essentiellement constituée d'organismes planctoniques en suspension dans l'eau sont mal évalués.
Un des risque induits par la conjonction de ces deux phénomènes serait l'apparition possible d'organismes pathogènes (vibrions, bactéries, parasites) résistants au chlore et localement (en zone de microturbulence, contre les palplanches par exemple). De tels organismes chlororésistants pourraient être source de problèmes nosocomiaux en cas de contamination humaine.
