Le 4 juin 2008, le personnel de la centrale a détecté une fuite sur le circuit primaire du système de refroidissement du réacteur. Le réacteur en question a été mis à l'arrêt et la fuite contenue dans l'enceinte de confinement. Selon les autorités slovènes, il n'y a pas eu de fuite de matériaux radioactifs dans l'environnement ni d'altération du combustible nucléaire.
Suite à cet incident, la Commission européenne a déclenché le système d'alerte européen sur les risques radioactifs (ECURIE).
Selon Josef Pröll, le ministre fédéral autrichien de l'Environnement, dont le pays est situé à moins de 200 km de la centrale, les autorités slovènes ont tout d'abord signalé l'incident comme un "exercice" et non comme une panne réelle. Le ministre slovène de l'Environnement, Janez Podobnik, a reconnu que l'incident a été signalé par erreur comme un "test". D'autre part, de nombreux Croates habitants près de la centrale se sont plains d'avoir appris la nouvelle de l'incident par des médias étrangers et des expatriés, en raison d'une absence d'information officielle de la part des autorités croates
L’ASN a été informée, le 4 juin 2008 à 17 h 38 par le Système de notification de l’Union européenne, de la survenance d’un incident, à 15 h 07 à la centrale nucléaire de Krsko. L’ASN a contacté le responsable de l’Autorité de sûreté nucléaire slovène (SNSA). Celui-ci a fourni les informations suivantes :
- une fuite d’un débit de 2,4 m⋅h s’est produite sur le circuit primaire principal du réacteur en fonctionnement à pleine puissance ;
- la fuite est contenue dans l’enceinte de confinement ;
- il n’y a pas de rejet dans l’environnement ;
- le réacteur a été immédiatement mis à l’arrêt conformément aux procédures normales ;
- les investigations menées par l’exploitant ont permis de localiser la fuite sur un joint d’une pompe primaire ;
- la mise en place d’une organisation d’urgence n’a pas été jugée nécessaire ;
- la réparation nécessitera plusieurs jours.
L’enquête menée suite à l’accident a montré que la fuite provenait bien d’une pompe primaire. De par son faible débit, il n’y a pas eu de recours à l’arrêt d’urgence et aucun système de sauvegarde n'a été mis en route. La fuite a été entièrement confinée dans le bâtiment réacteur et aucun rejet extérieur n’est à signaler. Cet incident a été classé niveau 0 sur l’échelle INES par l’Autorité de sûreté nucléaire slovène. Le réacteur a été redémarré le 9 juin 2008 après réparation.