Le Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques est placé sous la tutelle du ministère chargé de l'agriculture.
L'instance la plus importante est le conseil d'administration, dont le président est élu. Ses 44 membres comprennent des représentants de l'État, des personnalités qualifiées, les anciens élèves, les enseignants, chercheurs et personnel administratifs et techniques, ainsi que les étudiants.
Le directeur général, nommé par les ministres de l'Agriculture et de l'Enseignement supérieur, assure la gestion courante de l'établissement.
Le décret prévoit l'existence de quatre autres instances consultatives :
- conseil scientifique, destiné à examiner les questions liées à la recherche ;
- conseil des enseignants, regroupant une bonne partie des enseignants de l'établissement (51 membres), et chargé d'examiner les questions de pédagogie
- Conseil de l'enseignement et de la vie étudiante, destiné étudier l'organisation de l'enseignement et les conditions de vie des étudiants (son rôle est proche de celui du CEVU dans les universités).