Le château est l'une des plus ancienne forteresse d'Alsace, voire la plus ancienne. Il est cité pour la première fois vers 1009 . Les ruines actuelles sont bien postérieures et datent de la fin du XII ou du début du XIII siècle.
Le Bernstein appartenait à l'origine aux comtes d'Eguisheim-Dabo, landgraves de Basse-Alsace. La première mention du château remonte à Hugues IV d'Eguisheim alors qu'il soutenait l'empereur Henri II contre l'évêque de Metz. Pour mieux la protéger, le comte y amena sa femme, Heilwige, mère du pape Léon IX. Le château fut alleu des Eguisheim-Dabo de 1144 à 1225.
Le comte Adalbert II, s'allie à Otton IV au côté de l'évêque de Strasbourg, Conrad, dans le conflit qui l'oppose à Philippe de Souabe pour l'élection au titre d'empereur romain germanique. L'édifice originel fut probablement détruit à la fin du XII siècle par Philippe, lors d'une expédition punitive. Les comtes d'Eguisheim l'ont, par la suite, reconstruit et remanié dans les volumes que nous lui connaissons actuellement.
Les deux fils d'Adlabert II décèdent au cours d'un tournoi organisé par le comte de Flandre, Baudoin IV. Sa fille, Gertrude, mariée à Thiébaud I, devint donc la seule héritière. C'est ainsi que Bernstein échu dans les possessions du duché de Lorraine à la mort du comte, en 1211.
À la mort de Gertrude de Dabo en 1225, la forteresse fut l'objet de vives querelles. En effet, en dépit de trois mariages, elle ne donna le jour à aucun enfant. Soutenu par l'évêque de Strasbourg, le comte Simon de Linange (Sigismond von Leinigen), troisième mari de Gertrude, occupa le château. Mais finalement, l'évêque, révoquant sa protection, s'empara de Bernstein au terme d'un siège d'un mois en l'an 1227. Bernstein fut officiellement octroyé à l'évêché par la Paix de 1236 avec l'assentiment de l'empereur Frédéric II.
Le château sortit ruiné de cet épisode. L'évêque le restaura soigneusement et en fit le siège d'un vaste bailliage épiscopal dont l'administration fut confiée à un gouverneur.
À la fin du XIVs, l'édifice servit de résidence aux évêques Jean de Lichtenberg de 1354 à 1365 et Lambert de Burne en 1374.
En 1421, des mercenaires strasbourgeois l'investirent avec l'appui des bourgeois de Dambach lors de la guerre de Dachstein. En 1422, la Paix de Spire le rendit à l'évêché. Les Armagnacs l'ignorèrent en 1444. Lors des révoltes du Bundschuh, il servit de refuge aux paysans insurgés.
À la fin du XVI siècle, l'évêque acheta la ville de Benfeld et y transféra le siège de son bailliage en 1580. Le château fut déserté et resta à l'abandon. Il fut pillé et incendié par le Suédois en 1632. Lors de la période révolutionnaire le château servit d'exutoire aux paysans des environs et fut vendu en tant que bien national.
