Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Chordata (Chordés ou Cordés), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa). Les points qui font l'objet de débats au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés avant la bibliographie.
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
▲ └─o Chordata ├─o Cephalochordata └─o Olfactores ├─o Urochordata ou Tunicata ► └─o Craniata ├─o Hyperotreti └─o Vertebrata ├─o Hyperoartia ► └─o ├─o Conodonta (éteint) ► └─o ├─o Pteraspidomorphi (éteint) ► └─o ├─? Anaspida (éteint) └─o Thelodontomorphi ou Thelodonti (éteint) (paraphylétique) └─o Gnathostomata ► └─o Cephalaspidomorphi (éteint) ├─o Galeaspida (éteint) └─o ├─o Pituriaspida (éteint) └─o Osteostraci (éteint)
![right|thumb|Requin pèlerin (Cetorhinus maximus, Chondrichthyes, Cetorhinidae)]](https://static.techno-science.net/illustrations-webp/definitions/1200px/b/basking-shark_b87a934ae0bdbe8eb25dc24b1f39bfb4.webp) right|thumb|Requin pèlerin (Cetorhinus maximus, Chondrichthyes, Cetorhinidae)] |  right|thumb|Chirurgien (Ctenochaetus hawaiiensis, Osteichthyes, Actinopterygii, Acanthuridae), à Hawaii |  Litoria infrafrenata (Amphibia, Hylidae) |  Iguana iguana (Lepidosauria, Iguanidae) |
 Pic noir (Dryocopus martius, Aves, Picidae) au nid |  Balbusard pêcheur (Pandion haliaetus, Aves, Pandionidae) |  souris commune (Mus Musculus, Mammalia, Glires, Muridae) | |
 Chelmon à bec médiocre (Chelmon rostratus, Actinopterygii, Chaetodontidae) |  Grenouille aux yeux rouges (Agalychnis callidryas, Amphibia, Hylidae) |  Loup (Canis lupus lupus, Mammalia, Canidae) |  Grand dauphin (Tursiops truncatus, Mammalia, Delpinidae) |
 Lézard des souches (Lacerta agilis, Reptilia, Lacertidae) |  Cœlacanthe (Latimeria chalumnae, Sarcopterygii, Coelacanthidae) |  Gorille (Gorilla gorilla, Mammalia, Hominidae, Gorillinae) |  Branchiostoma lanceolatum (Cephalochordata) |
La place respective des Urocordés et des Céphalocordés n'est pas l'objet d'un consensus. Par contre, l'exclusion des Myxines du sein des Vertébrés, ainsi que le caractère largement polyphylétique des Agnathes, sont aujourd'hui largement admis. La relation basée sur des caractères morphologiques entre Anaspidés et Lamproies semble devoir être remise en cause, ainsi que la monophylie des Thélodontes, grade ancestral des Céphalaspidomorphes et des Gnathostomes.