L'histoire du CNC a commencé en 1986 après la décision des grandes écoles d'ingénieurs marocaines d'externaliser les 2 années préparatoires, et d'organiser un seul concours d'intégration en optant pour un système de 3 ans pour le cycle d'ingénieur d'état au sein de ces écoles. Ainsi, le programme des classes préparatoires est devenu commun et normalisé.
Les premiers centres des classes préparatoires au Maroc étaient le Lycée Moulay Youssef à Rabat, Lycée Mohammed V à Casablanca et Lycée Moulay Idriss à Fès. Aujourd'hui le pays compte plus de 19 centres des classes préparatoires présents dans les principales villes du royaume, et de 2 centres spéciaux militaires à l' École Royale de l'Air (Marrakech) et l' École Royale Navale (Casablanca) qui intègrent aussi ce système dans leurs cursus.
Ce concours tire sa notoriété du rythme et du niveau élevés du programme des classes préparatoires, il est considéré comme étant le concours scientifique et technique le plus dur et le plus transparent du Maroc. Le CNC a aussi une renommée internationale, en effet, les énoncés de ses épreuves paraissent annuellement dans les périodiques des concours internationaux d'admission aux grandes écoles.