La Confédération syndicale de l'Éducation nationale a été formée le 5 janvier 1984 pour élargir l’influence de ses composantes dans la vie syndicale. La première réunion d’un bureau constitutif se en tient le 18 janvier 1984. Les statuts de la CSEN sont déposés à la Préfecture de Paris le 22 février 1984. Le premier Congrès se tient dans la salle du Conseil Régional d’Ile-de-France à Paris le 17 octobre 1986, devant une assistance de plus de cent vingt participants.
D’autres Congrès se déroulent dans la capitale notamment les 24 octobre 1990, 13 octobre 1992 et 12 décembre 1995. Le congrès du 19 mars 1999 se tient à Levallois-Perret (92) sur le thème « Quel autre futur pour l'Ecole et l'Unlversité ». Celui du 12 janvier 2006 a lieu dans la même ville autour de la question « Enseignement et service public ».
Une mésentente entre la direction du Syndicat National des Infirmières en Milieu Scolaire et celle de la la CSEN, conduit le SNAIMS à annoncer officiellement le 14 juin 2005, qu'il quittait la Confédération syndicale de l'Éducation nationale et qu'il rejoignait la Confédération autonome du travail
En 2008, la CSEN demande son affiliation à la FGAF qui accepte à l'unanimité, le 4 juin 2008 et devient fédération primaire de la Fédération Générale Autonome des Fonctionnaires, compétente à l’égard de toutes les organisations relevant de l’éducation.