La classification phylogénétique inclut la famille Taxodiaceae dans Cupressaceae, sauf le genre Sciadopitys qui fait maintenant partie d'une famille distincte, les Sciadopityaceae.
En classification phylogénétique elle compte 135 espèces réparties en 29 genres :
- Cunninghamioideae (Hayata) Quinn
- Cunninghamia R.Br.
- Taiwanioideae (Hayata) Quinn
- Taiwania Hayata
- Athrotaxidoideae Quinn
- Athrotaxis D.Don
- Sequoioideae (Luerss.) Quinn
- Metasequoia Hu & W.C.Cheng
- Sequoia Endl. — le séquoia à feuilles d'if
- Sequoiadendron J.Buchholz — le séquoia géant
- Taxodioideae Endl. ex K.Koch
- Cryptomeria D.Don
- Glyptostrobus Endl.
- Taxodium Rich. — les cyprès chauves
- Callitroideae Saxton
- Papuacedrus H.L.Li
- Pilgerodendron Florin - le Cyprès de las Guaitecas
- Libocedrus Endl.
- Austrocedrus Florin & Boutelje
- Widdringtonia Endl.
- Fitzroya Lindl.
- Diselma Hook.f.
- Actinostrobus Miq.
- Callitris Vent. (syn. Frenela)
- Neocallitropsis Florin
- Cupressoideae Rich. ex Sweet
- Thuja L. — les thuyas
- Thujopsis Siebold & Zucc.
- Chamaecyparis Spach
- Fokienia A.Henry & H.H.Thomas
- Cupressus L. (syn. Callitropsis, × Cupressocyparis, Neocupressus, Xanthocyparis) — les cyprès
- Juniperus L. (syn. Arceuthos, Sabina) — les genévriers
- Calocedrus Kurz
- Tetraclinis Mast.
- Microbiota Kom.
- Platycladus Spach - le thuya de Chine