Le système utilisé avant 1995 pour les comètes était complexe et consistait généralement en l'année de découverte suivie d'un nombre en chiffre romain ou le nom du découvreur.
Depuis 1995, le système suit la désignation provisoire des astéroïdes : une comète est provisoirement désignée par l'année de découverte, suivie d'une lettre (là où les astéroïdes en utilisent deux) indiquant la quinzaine de la découverte pendant l'année. Le nombre suivant, qui n'est pas un indice (là encore à la différence des astéroïdes), indexe séquentiellement les découvertes pendant une même quinzaine. Ainsi, la huitième comète découverte pendant la deuxième quinzaine de mars 2006 recevrait la désignation provisoire 2006 F8.
Si une comète se fragmente, chaque fragment reçoit la même désignation provisoire suivie d'un lettre en suffixe, A, B, C, ..., Z, a, b, c..., z (on suppose donc que suivre plus de 52 fragments d'une même comète est improbable). Si la comète 2006 F8 se sépare en deux fragments, ils reçoivent donc les désignations 2006 F8A et 2006 F8B.
Si un objet originellement désigné comme astéroïde développe une queue cométaire, il conserve sa désignation astéroïdale.