Chapelle St-Joseph (à gauche) : « le Repos de la Sainte Famille » par Giacomotti.
Chapelle du Sacré-Cœur (à droite) : « le Sacré Cœur » par Lafon.
Toutes les fresques des murs hauts de la nef, du transept, et du chœur (chapelle de la Vierge) ont été exécutées par Aubert de 1891 à 1907. Par la précision de la documentation recueillie lors de ses voyages au Proche Orient, il s’est efforcé de renouveler l’iconographie des sujets déjà souvent traités par ses prédécesseurs.
Au-dessus de l’autel de la Vierge : « Triomphe universel de Marie » (tous les saints de l’histoire de l’Église rendent un culte à Marie).
Chapelle St-Joseph : « Jésus au jardin des oliviers », "Le Fils prodigue", « la Cène ».
Chapelle du Sacré-Cœur: « Jésus guérissant les malades », "le Bon Samaritain", "l’envoi des apôtres en mission".
Tout au long de la nef, 22 panneaux détaillent la vie de la Vierge Marie :
1- Naissance de Marie (intérieur d’une maison de Jérusalem)
2- Marie instruite par sa mère (la fontaine de Siloé)
3- Marie présentée au Temple (Temple de Jérusalem, d’après Edfou)
4- Marie fiancée à Joseph (cour intérieure d’une maison de Nazareth)
5- Marie saluée par l’ange Gabriel 6- Marie visite Élisabeth (maison à Siloé)
7- Marie cherche un gîte à Bethléem.
8- Marie à la crèche (grotte sous la colline de Bethlehem)
9- Marie purifiée au Temple (décor pharaonique)
10- Marie fuit en Égypte (la vallée des Rois, à l’est de Thèbes)
11- Marie se repose en Égypte (les grandes pyramides de Gizeh)
12- Marie à la fontaine (fontaine de Nazareth)
13- Marie à Nazareth.
14- Marie près de Joseph mourant.
15- Marie au pied de la Croix.
16- Marie revient du Calvaire (une maison en contrebas)
17- Marie reçoit le corps de Jésus.
18- Marie au Cénacle (décor emprunté à l’ancien Temple)
19- Marie voit jésus ressuscité (le champ Haceldama)
20- Marie reçoit l’Eucharistie (un abri pour les voyageurs)
21- Marie rend le dernier soupir.
22- Marie monte au ciel (le mont des Oliviers et la vallée du Jourdain)
Certaines de ces fresques ont été reproduites sur toile par des élèves d’Aubert dans l’église de Montandon (Doubs), malheureusement, elles ont été enlevées lors de la restauration de cette église dans les années 1970.