Mentionnée dès le XI siècle sous un nom incertain, La Villette est une localité agricole située dans une plaine fertile du nord-est de Paris où sont cultivés céréales, arbres fruitiers, cultures maraîchères et vignes ; elle s’étend le long d’une ancienne voie romaine empruntée par les pèlerins de Saint-Jacques-de-Compostelle, reliant la capitale française aux Flandres, via Senlis et à l’Allemagne.
Au fil des siècles, la bourgade change de nom. En 1198, une charte la mentionne comme Ville neuve Saint-Lazare de Paris puis, en 1374, sur un acte de Charles V, elle est appelée La Vilette-Saint-Ladre-Lez-Paris, référence à une petite maison ou villette construite par la léproserie Saint-Lazare de Paris, propriétaire des terres et destinée au repos de ses religieux.
À la fin du XIV siècle, une église, dédiée à saint Jacques et à saint Christophe, est construite dans l'actuelle rue de Flandre.
Par son décret du 29 floréal an X (19 mai 1802), le Premier consul Bonaparte ordonne la création du réseau des canaux parisiens, dont celui du canal de l'Ourcq déjà projeté par Pierre-Paul Riquet au XVII siècle, afin de permettre et l'alimentation en eau des habitants de Paris et la création de voie de navigation sur la Marne et l'Ourcq. Les Bassin de la Villette et les canaux de l'Ourcq et de Saint-Denis modifient la localité car, autour d'eux, se développe, dès le second quart du XIX siècle, une intense activité portuaire et de fret, suivie d'une importante industrialisation.
L'accroissement considérable de la population justifie la construction d'une nouvelle église et une ordonnance royale du 17 novembre 1837 autorise la municipalité à acquérir un terrain dans ce but. Le choix se porte sur une parcelle le long du canal de l'Ourcq et il est fait appel aux services de Paul-Eugène Lequeux, l'architecte de l'arrondissement voisin de Saint-Denis et concepteur de plusieurs églises, en autres, celle de Notre-Dame-de-Clignancourt, dans le 18e arrondissement de Paris.