Le plan octogonal du baptistère du Latran, première construction expressément dédiée à cette fonction, est assez largement suivi, avec des variantes (plan à douze côtés ou rond, comme à Pise). Il figure les sept jours de la semaine (et de la Création du monde) plus le jour de la Résurrection et de la Vie Éternelle. (le nombre huit symbolise également le passage d'un degré de réalité à un autre). Le plan dodécagonal symbolise lui les douze Apôtres, le plan circulaire la perfection et la Sainte-Trinité. Dans un narthex ou une antichambre, les catéchumènes reçoivent l’instruction chrétienne et font leur profession de foi avant le baptême.
L’espace intérieur est organisé autour des fonts baptismaux, dans lequel le baptême se fait par une triple immersion. Trois marches descendent au fond du bassin, en pierre le plus souvent (bien que tardivement, certains ont été en métal). Au-dessus, est suspendue une colombe, représentant le Saint-Esprit, en or ou en argent.
Les fresques ou les mosaïques murales représentent fréquemment des scènes de la vie de saint Jean-Baptiste.
Les fonts baptismaux étaient fréquemment alimentés par une source naturelle (comme au baptistère du Latran), ou dans d’autres lieux où la christianisation d’une source païenne présentait un intérêt naturel. Ainsi également, Grégoire de Tours ou l’évêque de Turin Maximus (mort vers 466) ont converti de telles sources miraculeuses en baptistères.
Le bassin est ordinairement rond ou octogonal ; il est parfois en forme de croix, comme celui de l'église Sainte-Marie, dans le désert du Neguev.