Eigg fut habitée dès l'âge du bronze et du fer comme en attestent les restes de campements.
le monastère de Kildonann fut construit par un missionnaire irlandais : Saint Donnan. Mais lui et ses moines furent massacrés en 617 sur ordre de la reine picte locale.
Au Moyen Âge, l'île appartenu à Ranald MacDonald. Une guerre avec les MacLeods mena à la perte de tous les habitants : ils moururent enfumés dans une caverne par un feu allumé par le clan adverse.
Après une décennie sans propriétaire, Eigg fut achetée en 1997 par le "Eigg Heritage Trust", un partenariat entre les habitants de l'île, le « Highland Council » et le « Scottish Wildlife Trust ». La population était alors de 60 personnes.
Le projet principal était de construire An Laimhrig, un nouveau bâtiment bâti près de la jetée du port pour abriter un magasin, un bureau de poste, un salon de thé, des toilettes et des douches. Le prochain projet est la construction d'une centrale électrique fonctionnant avec les énergies renouvelables (les sources d'énergies actuelles sont l'éolien, l'hydraulique et les générateurs au diesel).
En 2004, la jetée du port a été allongée pour permettre aux ferries d'accoster. Des liaisons maritimes existent entre les quatre îles des Small Isles et Mallaig en Écosse. Une petite liaison entre Eigg et Arisaig en Écosse est réservée aux piétons.
