Après avoir obtenu son diplôme à 18 ans, Todd passe deux ans d'apprentissage à Farmington. Une fois cet apprentissage accompli il exerce la charge de médecin résident durant les 25 années suivantes à Farmington. Il prend sa retraite en 1815. Il rendait souvent visite aux fermiers afin de les aider à améliorer la productivité de leur produits. Todd conclut que "le retour à la stabilité sociale et politique au cours des premières années d'indépendance a été indubitablement facilité par la disponibilité illimitée de terres à l'ouest".
Il n'était pas un très bon homme d'affaire, et bien que sa renommée grandissent à travers les États, il ne s'est enrichi que lorsqu'il est devenu directeur de l'asile du Connecticut. En 1796, peu après son installation à Farmington, il épouse Rachel Hills. La même année, son demi-frère Michael disparaît en mer. En 1797, sa sœur Polly meurt de fièvre pourprée. Sa mère meurt en 1806. Lorsqu'en 1811 Reuben, le frère de Rachel Hills, meurt, le couple adopte Theresa et Jennet ses deux filles. Son autre sœur Eunice se suicide (Voir ci-dessous). Rachel meurt en 1825, Eli Todd épouse alors en seconde noce Catherine la sœur cadette de Rachel. Elle lui survivra 33 ans, terminant ses jours en 1866.
L'intérêt d'Eli Todd pour la psychologie a commencé lorsqu'il a appris le suicide d'Eunice par un courrier du mari de celle-ci, en août 1829. Elle était dépressive et Todd a cru a plusieurs reprises qu'il l'avait guérie, mais elle avait toujours des rechutes. Lorsqu'elle s'est trouvée seule au milieu d'une grande ferme isolée du Vermont, elle a été poussée à bout. Il a alors construit sa théorie sur les retards mentaux (qu'on appelait folie à cette époque) en les considérant comme une maladie qui avait des causes et des soins possibles. Il a commencé son traitement révolutionnaire et a obtenu du gouvernement une grosse somme pour la construction de l'asile.
