Il créa le plus ancien dessin animé sur pellicule de cinéma connu à ce jour, Fantasmagorie, qui fut projeté pour la première fois le 17 août 1908, au théâtre du Gymnase à Paris, pour la société Gaumont. Il est cependant important de noter qu'Émile Reynaud projeta des dessins animés de plus de 500 images, sur le théâtre optique, un système proche du projecteur de cinéma, dès le 28 octobre 1892.
De 1908 à 1923, Émile Courtet réalisa plus de deux cents films d'animation. Il fit également du théâtre, de la photographie, de l'illustration de livres, et beaucoup d'autres choses.
Émile Courtet travailla comme indépendant, puis pour les compagnies cinématographiques française Lux, Gaumont, Pathé, Eclipse, Éclair pour qui il travailla à Fort Lee aux États-Unis de 1912 à 1914 comme directeur d'animation.