L'Île de France, la plus riche et la plus peuplée des régions française est aussi celle qui compte le plus d'étudiants. Elle regroupe encore la plupart des grandes écoles les plus prestigieuses malgré un mouvement de décentralisation qui a conduit notamment au transfert de l'École nationale d'administration à Strasbourg et de l'École normale supérieure lettres et sciences humaines (Fontenay-Saint-Cloud) à Lyon.
Moyen-Âge
A partir du XIIe siècle, Paris s'impose comme centre important pour la théologie. En 1215, un bulle d'Innocent III reconnait l'université. Paris fut pendant le XIIIe siècle, un des grands centres intellectuels d'Europe. À cette époque, on introduisit dans les universités d'occident, sous l'impulsion d'Albert le Grand, les fondements de la science de la Grèce antique et de la civilisation arabo-musulmane. L'université de Paris participa au renom de la ville qui fut, au XIIIe siècle, le plus grand centre intellectuel d'Europe.
Depuis 1213, la faculté est divisée en quatre domaines d'enseignements :
Temps modernes
À partir de la Renaissance, les enseignements de la scolastique, qui formaient la base de l'éducation dans les collèges supérieurs, commencèrent à entrer en déclin, davantage à Paris que dans la partie méridionale de l'Europe, qui était plus avancée dans le processus de renaissance. Sous l'influence des humanistes, à partir des années 1530, les arts commencèrent à acquérir plus de prestige que les autres disciplines.
À la naissance de la science moderne au XVII siècle (Galilée, Descartes,...), la scolastique fut vivement critiquée pour ses manques en matière d'observation et d'expérimentation.
Au XVIII siècle sont fondées les premières écoles d'ingénieurs :
La Révolution et l'Empire
À la révolution française, le mouvement général des idées issu des Lumières entraîna la création de nouvelles écoles par la Convention nationale. En 1794, trois école d'importance sont créées à Paris : l'École polytechnique, le Conservatoire national des arts et métiers et l'École normale, aujourd'hui École normale supérieure.
Napoléon donna à l'École polytechnique son statut militaire (qu'elle perdit puis retrouva). Napoléon créa en outre une école militaire à la place de l'école du génie de Mézières, l'école de Saint-Cyr (proche de Paris).
XIXe siècle
Dans le courant du XIX siècle, le système des grandes écoles se développa, porté par la révolution industrielle, et se généralisa non seulement dans les grandes écoles scientifiques (écoles centrales, écoles des mines, des télécoms), mais aussi dans les écoles commerciales, et agronomiques.
Le droit et la médecine restèrent sous le giron de l'université. La théologie resta sous la responsabilité de l'Église (Institut catholique de Paris).
Paris conserve une place majeure dans la région, bien que certaines écoles aient choisi de partir en banlieue pour bénéficier de campus plus grands.
Le quartier latin, où se trouve la Sorbonne, l'École normale supérieure et le Collège de France conserve une place majeure. Cependant, ce quartier manque de place. C'est la raison pour laquelle certaines instituions, comme l'École polytechnique ont choisi de quitter le quartier. Certaines autres n'y maintiennent qu'une partie de leurs activités, transférant certaines cours dans d'autres quartiers de Paris, c'est le cas de l'Université Paris-IV. D'autre part, des centres d'enseignements supérieurs se trouvent un peu en dehors du quartier latin proprement dit, comme le campus de Jussieu, situé lui aussi dans le 5e arrondissement, et Sciences Po dans le 7e arrondissement.
Un nouveau pôle d'enseignement supérieur connaît un important d'essor dans le quartier de Tolbiac, dans le 13e arrondissement, un peu à l'est du quartier latin. Ce quartier intégralement redéveloppé depuis les années 1990 bénéficie de la présence de la bibliothèque nationale de France.
D'autres établissements se trouvent dans divers endrois de Paris comme l'Université Paris-Dauphine à côté du Bois de Boulogne et l'ESCP-EAP dans le 11e arrondissement.
Plateau de Saclay
Depuis les années 1960 le plateau de Saclay a connu un important développement qui en a fait un des principaux espaces de la recherche en France. Il comporte à la fois une grande université (Paris XI) , des centres de recherche publics et privés, et des grandes écoles telles l'École polytechnique, HEC et Supélec, et des centres de recherches publics ou privés.
Autres pôles
D'autres pôles d'éducation supérieure tendent à se constituer, notamment dans les villes nouvelles de Cergy-Pontoise et Marne-la-Vallée qui ont toutes deux une université. C'est notamment à Cergy que se trouve l'École supérieure des sciences économiques et commerciales.
(Certains se trouvent dans plusieurs catégories)
Langues, lettres et sciences humaines : École normale supérieure de la rue d'Ulm, École nationale des chartes, École pratique des hautes études, École des hautes études en sciences sociales, Institut national des langues et civilisations orientales, Paris I, Paris III, Paris IV, Paris VII, Paris VIII, Paris X, Paris XIII, Université de Cergy-Pontoise
Sciences : école normale supérieure (rue d'Ulm), école normale supérieure de Cachan, Paris VI, Paris VII, Paris XI, Université de Cergy-Pontoise.
Droit : Paris I, Paris II, Paris X, Paris XIII,Université de Cergy-Pontoise...
Médecine : Université Paris Descartes, Université Pierre et Marie Curie, Paris XIII...
Économie : École d'économie de Paris, École normale supérieure (rue d'Ulm - Paris), École normale supérieure de Cachan, École polytechnique, Paris I, Paris II, Paris X, Paris XIII, Université de Cergy-Pontoise.
Commerce gestion, administration, MBA : HEC, ESCP-EAP, ESSEC, INSEAD, ISC Paris, Sciences Po, Paris-Dauphine, Université de Cergy-Pontoise, Télécom École de Management, IAE de Paris I Panthéon Sorbonne.
Écoles d'ingénieurs : École polytechnique, École supérieure de physique et de chimie industrielles de la ville de Paris, École centrale Paris, École nationale supérieure de techniques avancées, École nationale supérieure des télécommunications, École nationale des ponts et chaussées, École spéciale des travaux publics, du bâtiment et de l'industrie, École centrale Paris, École supérieure d'électricité, École nationale supérieure des mines de Paris, École nationale supérieure d'arts et métiers, Institut supérieur de mécanique de Paris, École nationale supérieure de chimie de Paris, École des ingénieurs de la ville de Paris, l'École nationale supérieure d'arts et métiers, École nationale supérieure d'informatique pour l'industrie et l'entreprise, École pour l'informatique et les techniques avancées, École de physique et chimie de Paris, École polytechnique féminine, École supérieure d'ingénieurs en électronique et électrotechnique, École nationale des sciences géographiques, École supérieure d'optique, Télécom SudParis.
École d'agronomie : l'Institut national agronomique Paris-Grignon…
Écoles spécialisées : l'École nationale vétérinaire de Maisons-Alfort, l'École Boulle (artisanat du meuble), l'École supérieure de journalisme de Paris, l'École pour l'informatique et les nouvelles technologies, l'Institut d'étude des relations internationales, l'Institut Sup'Biotech de Paris, l'Institut polytechnique des sciences avancées, Supinfo.