L'épilepsie partielle migrante est un syndrome fortement dépendant de l'âge, ce qui laisse supposer l'existence de liens étroits entre l'expression du syndrome et des processus de maturation. Les premières crises d'épilepsie apparaissent avant l'âge de six mois et peuvent surgir dès les premières heures suivant la naissance. L'enfant ne rencontre généralement pas de difficulté notable avant la survenue des crises et son développement jusque-là est d'ordinaire normal. Un cas de microcéphalie congénitale est toutefois reporté.
Le syndrome n'exprime pas immédiatement sa forme définitive, ce qui peut induire les premières démarches diagnostiques en erreur. Les premières crises paraissent parfois unifocales, c'est-à-dire restreintes à un unique foyer épileptogène, pouvant faire soupçonner la présence d'une dysplasie et postuler à tort en faveur d'un recours chirurgical.
Dans la forme complète du syndrome, les crises sont multifocales, touchant indépendamment différentes régions des deux hémisphères cérébraux. La fréquence des crises s'accroît considérablement, celles-ci venant souvent par bouffées, jusqu'à parfois devenir quasi continues.
L'évolution du syndrome s'accompagne progressivement d'une détérioration cérébrale. Les enfants régressent sur le plan psychomoteur. L'électro-encéphalogramme devient pathologique, montrant un ralentissement de l'activité de fond et une absence des figures de maturation attendues pour l'âge. Enfin des signes d'atteinte cérébrale deviennent apparents, parmi lesquels on trouve une hypotonie majeure et le développement d'une microcéphalie chez une majorité d'enfants, ainsi que selon les cas : syndrome pyramidal, syndrome extra-pyramidal et strabisme.
Les investigations étiologiques - examens métaboliques, imagerie cérébrale, investigations génétiques, historique périnatal, etc. - échouent toutes à révéler une cause.
Le développement psychomoteur est en général faible ou inexistant, alternant parfois périodes de récupération et nouvelles régressions. Les enfants sont fortement hypotoniques, de fait souvent quadriplégiques, et fréquemment dans l'incapacité de se nourrir, le recours à une nutrition entérale devenant dès lors nécessaire.
Après plusieurs années, les crises tendent à disparaître, laissant l'enfant avec de profonds déficits psychomoteurs. On observe toutefois une résurgence des crises en présence de maladies intercurrentes.