Introduction

Certains estuaires forment des delta (Delta de l'Atchafalaya, dans le Golfe du Mexique

Roselière de l'estuaire de la Seine, au sud du Havre, Seine-Maritime, Haute-Normandie

Estuaire du Léguer, depuis le sentier côtier rive gauche

Cabane de pêcheur, estuaire de la Gironde (Sud-Ouest de la France)

Euphorbia portlandica, l'euphorbe des estuaires

Les eaux des estuaires sont généralement turbides, caractérisées par un "bouchon vaseaux" (Estuaire de la Gironde, Sud-Ouest de la France)

Exemple caractéristique de slikke (vasière d'estuaire)
L'estuaire est la portion de l'embouchure d'un fleuve où l'effet de la mer ou de l'océan dans lequel il se jette est perceptible. Cette définition conduit à une controverse. Ainsi certains défendent l'idée que l'estuaire d'un fleuve est toute la portion où l'eau est salée, ou saumâtre uniquement. Pour les autres, c'est l'effet dynamique de la marée sur les eaux fluviales qui doit être pris en compte. La séparation entre la zone maritime et fluviale a diverses définitions, conflictuelles parfois et variant selon les époques. L’estuaire est un écotone mouvant dont les limites sont d’appréciation délicate. Elles s’apprécient généralement sur l'analyse du mouvement des masses d’eau douces et salées, sur la base du flot principal et/ou moyen de la marée. Par convention, on ne parle pas d'estuaires pour les fleuves qui se jettent dans des mers fermées (Mer noire par ex)
Chaque estuaire est un système physique et écologique dynamique et unique, incluant des zones humides, des méandres et/ou des deltas sans cesse remodelés au gré des courants, des charges de matières en suspension apportées par le fleuve, et selon la nature du contexte géologique et du bassin versant, le climat, les vents et les interventions humaines historiques et contemporaines. L’estuaire est aussi le lieu où la force du fleuve est ralentie. Certains polluants s’y sédimentent préférentiellement et peuvent s’y concentrer.
Pour des besoins commerciaux, militaires, maritimes, agricoles, halieutiques ou sécuritaires, depuis des temps millénaires ou séculaires, des ports, des chenaux, des canaux, des aménagements de stabilisations, de drainage et d’assèchement, des atterrissements ou des aménagement conchylicoles ou cynégétiques en ont modifié les volumes et les profils en travers et en long.
L’Homme a cherché à maitriser les estuaires en en fixant les berges et les chenaux, en y construisant de coûteuses digues, parfois immergées. Pour ce faire il a mobilisé les sciences naturalistes, comme les mathématiques (modélisation) et la physiques (dynamique des fluides et des matériaux). Depuis quelques décennies, les sciences sociales et économiques sont également appelées par les aménageurs, notamment pour y résoudre les conflits d’usages (chasse, pêche, tourisme, promenade, loisirs, nautisme, plongée sous-marine, pêche à pied, activités portuaires, etc.).
C’est le seul écosystème où la modification altimétrique de la ligne d’eau biquotidienne varie dans le temps et dans l’espace, en même temps que la salinité et la turbidité. On y trouve des espèces marines, des espèces d’eau douces et de espèces endémiques aux estuaires. Quand la pollution et la surpêche ne la surexploitent pas, la biomasse produite y est exceptionnellement importante. Les estuaires sont à l’origine de nombreuses chaînes alimentaires, et sont une zone de reproduction et de nourrissage irremplaçable pour nombre d’espèces. Parfois les riches deltas sédimentaires ont été dédiés à la culture (delta du Nil, Bengladesh, Camargue en France..)