Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Eubacteria (Bacteria, Bactéries ou Eubactéries), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa). Les points qui font l'objet de débats au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés avant la bibliographie.
Les avis des spécialistes restent très divergents sur la phylogénie des Procaryotes. On en a quelques exemples plus bas...
En ce qui concerne les taxons bactériens de niveau supérieur, l'arbre ici présenté suit globalement les dernières propositions de Thomas Cavalier-Smith. L'ancêtre "universel" n'est plus conforme à l'hypothèse "LUCA", puisque les Archées et les Eucaryotes s'enracinent non pas dans la même origine que les Eubactéries, mais au sein de celles-ci, longtemps après leur apparition. Les Eubactéries ne forment donc pas, dans cette hypothèse, un groupe naturel (un clade monophylétique), mais le plus ancien grade évolutif connu des êtres vivants cellulaires.
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
▲ ├─o Chlorobacteria ou Chloroflexi ├─? Caldiserica └─o ├─o Hadobacteria ou Deinococci └─o Glycobacteria (paraphylétique) ├─o Cyanobacteria │ └─o chloroplastes s.l. └─o ├─o Gracilicutes │ ├─o Spirochaetes │ └─o │ ├─o Sphingobacteria │ └─o Exoflagellata │ ├─o Planctobacteria │ └─o Proteobacteria │ └─o mitochondries └─o └─o Posibacteria (paraphylétique) ├─o Endobacteria │ ├─o Mollicutes │ └─o Firmicutes s.s. └─o Actinobacteria (paraphylétique) └─o Neomura ├─o Eukaryota ► └─o Archaebacteria ou Archaea ►
L'un des enjeux majeurs est évidemment ici la place de la racine de l'arbre universel.
Restent également d'autres questions au sein des principales divisions, par exemple dans les Firmicutes la vraisemblable apparition des Bacilles au sein des Clostridiens, et des Lactobacilles au sein des Bacilles.
Cette classification, communément admise, identifie 24 phyla réputés monophylétiques, mais ne se prononce pas sur des regroupements entre eux. Dans les notes du « Taxonomic Outline », certains rapprochements, ou classements douteux, sont suggérés.
Cette classification n'est pas strictement phylogénétique, l'auteur ayant la conviction que, pour être utilisable et pédagogique, elle doit maintenir des grades évolutifs, dont seuls les plus récents sont « holophylétiques ».
Cet arbre est l'inverse du précédent, la différence tenant essentiellement à l'emplacement de la racine : ici au sein des bactéries Gram +. L'auteur a développé la phylogénie des α-protéobactéries et des actinobactéries.
Cet arbre est basé sur l'alignement de 31 gènes codant les protéines, largement conservés dans les différents groupes.