Eubacteria

Eubactéries
Classification
Règne	Bacteria
Classification phylogénétique
Position : Eubactéries Protéobactéries groupe : Firmicutes groupe Bacillus / Clostridium Actinobactéries groupe : Cyanobactéries groupe Thermus / Deinococcus groupe : Bactéries vertes sulfureuses groupe : Flavobactéries Bactéroïdes groupe : Spirochètes Chlamydiales Planctomycétales Bactéries vertes non sulfureuses Aquificales Thermotogales

Les eubactéries (Eubacteria), ou « vraies bactéries », sont une subdivision majeure des procaryotes, comprenant toutes les bactéries (exceptées les archaeas). On peut citer par exemple les Chlorobactéries (auxquelles on peut adjoindre, selon la théorie endosymbiotique, les chloroplastes), les Protéobactéries (incluant les mitochondries selon la même théorie), les Cyanobactéries, les Mycoplasmes (Mollicutes), les Entérobactéries, les Pseudomonades et la plupart des bactéries gram-positives.

Selon Thomas Cavalier-Smith, elles forment un groupe paraphylétique (les Neomura, regroupant Archées et Eucaryotes, s'origineraient en leur sein), alors que, classiquement depuis Carl Woese, elles constituent seules l'un des trois empires du vivant. La classification de Woese est privilégiée par les microbiologistes sur base des analyses phylogénétique. Lors de la découverte des Archées, leurs capacité de se développer dans des environnements classiquement défavorables à la vie laissait supposer que les Archées étaient apparues avant les Bactéries, ce qui justifiait la dénomination d'Archéobactéries (vieille bactéries). Les Bactéries avaient été alors renomées Eubactéries (vraies bactéries). Entre temps, les analyses phylogénétiques ont démontré que les Archées sont phylogénétiquement plus proches des Eucaryotes que des Bactéries et qu'elles étaient apparue après les Bactéries.

Note : Ne pas confondre avec les Eobacteria*, taxon paraphylétique regroupant les plus primitives des bactéries, les Chlorobacteria et Hadobacteria.*

Les eubactéries se distinguent d’une part des eucaryotes par leur structure cellulaire (la structure procaryote) dont une des caractéristiques est d'être sans noyau, et d’autre part des archées par divers aspects chimiques (dont la structure de la membrane cellulaire) et génétiques.

Leur taille varie de celle d'un virus, comme certaines nanobactéries (0,05 µm) à une taille supérieure à celle de la moyenne des Protozoaires (Epulopiscium fishelsoni (600 µm x 80 µm) est beaucoup plus grande qu'une Paramécie).

Si la diversité des formes est faible, les eubactéries occupent la plupart des milieux, et constituent certainement, en nombre de cellules et peut-être en masse, la plus grande partie du vivant. Elles remplissent des fonctions fondamentales dans l'écosystème terrestre, comme par exemple dans le cycle de l'azote ou du soufre.

Elles jouent aussi un rôle prépondérant dans le recyclage des déchets organiques.

Quand on considère que les mitochondries et les chloroplastes sont des eubactéries symbiotiques, cela inclut aussi la photosynthèse et le métabolisme de l'oxygène (les eubactéries sont à l'origine de tout l'oxygène de l'atmosphère), et elles sont donc la porte d'entrée de toute l'énergie qui fait fonctionner le vivant.

Les plus anciens fossiles connus, les stromatolites, sont d'origine bactérienne et sont datés de 3,5 milliards d'années.

La classification traditionnelle distingue, sur la base du métabolisme, les bactéries photosynthétiques et les bactéries chimiotrophes.

La systématique moderne, basée sur les analyses génétiques, distingue de nombreux groupes. On notera, entre autres, les cyanobactéries, un groupe important de bactéries photosynthétiques.

Historiquement, et peut-être encore dans l'esprit général, les bactéries sont associées aux maladies. En effet, de nombreux parasites sont des bactéries (l'inverse n'est pas vrai). L'étude des bactéries a longtemps été dominée par la pathologie, et, dans une moindre mesure, les applications techniques (entre autres la fermentation, que ce soit pour la favoriser ou la combattre).

On trouve des eubactéries dans presque tous les milieux où la vie se révèle possible. Leur répartition va de l'atmosphère aux limites inférieures des sols et des fonds océaniques en passant par tous les écosystèmes.

Selon les lignées, on en trouve des phototrophes (tirant leur énergie de la lumière), chimiotrophes (trouvant leur énergie de gradients chimiques non organiques), hétérotrophes (trouvant leur énergie dans la matière organique, qu'elle soit vivante (parasitisme) ou morte); on en trouve des aérobies ou des anaérobies, strictes ou non.