Ce qui suit dévoile des moments clés de l’intrigue.
Le 23 octobre 2077, la Grande Guerre éclate, des bombes nucléaires sont lancées, mais il n'est pas possible de savoir de qui entre la Chine et les États-Unis est le coupable. Une poignée de personnes triées sur le volet sont autorisés à se réfugier dans des Abris, afin de se protéger des radiations et de l'hiver nucléaire qui menacent. Ces personnes sont principalement des scientifiques, des militaires et des membres du gouvernement.
Vous incarnez l'Habitant de l'Abri, dont la famille a trouvé refuge dans l'Abri 13 une génération plus tôt. L'Habitant de l'Abri est né et a toujours vécu dans ce cocon protecteur, pourtant le Dirigeant de l'Abri 13 lui demande de sortir à la surface. En effet, le 5 décembre 2161, la puce servant à filtrer l'eau contaminée vient de tomber en panne : sa mission sera donc d'aller affronter l'hostile monde extérieur pour partir à la recherche d'un autre Abri qui aurait, peut être, une puce de rechange...
Il rencontre en chemin un grand nombre de personnes qui l'aideront ou tenteront de le stopper dans sa mission. Quand enfin il trouve une puce d'eau de rechange, il retourne dans son Abri. Mais le Dirigeant, inquiet de son discours sur la population croissante de mutants évoluants à la surface, l'envoie stopper cette menace.
L'Habitant de l'Abri découvre alors que leur présence n'est nullement due au hasard mais est le résultat du travail du Maître dont le but est de créer une armée de Super Mutants. Il parvient néanmoins à mettre fin au plan diabolique du Maître.
De retour dans son Abri, le héros est banni par le dirigeant, car ce dernier craint que les nouvelles connaissances du héros sur le monde puissent perturber la vie de la communauté. Abandonné des siens, il erre dans le désert et fonde Arroyo, loin dans le nord. Il y vit jusqu'à ses derniers jours et donne naissance à celle qui deviendra la doyenne du village dans Fallout 2.
Fin des révélations.