Des doutes pèsent sur cette compagnie quant à la sécurité de ses passagers. Certains éléments indiquent que Flash Airlines n’était pas toujours sérieuse en la matière :
- Les contrôles effectués par l’OFAC en 2002.
- La réaction du chef pilote de Flash Airlines le 4 janvier 2004, après la révélation qu’un feu-moteur s’était produit en 2002, obligeant un appareil à atterrir d’urgence à Athènes : « C'est normal (...), il peut y avoir un incendie de moteur pendant un vol » .
- Le pilote : le 13 février 2003, il est entré dans la compagnie, a subi un entraînement sur simulateur, et, alors que sa faible expérience de l’appareil (qu’il n’avait jusqu’alors piloté que dans un simulateur) ne devait le conduire qu’à être copilote, il devient directement pilote. Il commence de voler en mai ou juin 2003. En novembre 2003, le directeur des Opérations de Flash Airline démissionne, notamment parce qu’il s’est opposé à cette façon de faire . Lors du Vol Flash Airlines FSH 604, le commandant de bord n’a réalisé que 474 heures de vol sur un Boeing 737, ce qui est peu .
- De multiples témoignages de passagers sur l’état de l’intérieur de l’avion, notamment celui du directeur de l’aéroport d’Angers : l’appareil était usé, les trousses de secours usées, les sièges jaunis, et l’appareil où se trouvait cette personne a du se poser à Milan, faute de carburant .
- Absence d’un spécialiste électricien dans la compagnie.
Les inspections, en dehors de celles effectuées en Suisse, n'ont pas toujours été négatives pour la compagnie. Cependant, faute de temps, les vérifications peuvent être superficielles, comme le 22 octobre 2003 à Toulouse pour l'appareil immatriculé SU-ZCF.
Toutefois, Flash Airlines a réalisé un certain nombre de réparations en 2002 et 2003 :
- 2002, du 4 novembre au 20 décembre : le Boeing SU-ZCF est révisé par Braathens à Stavanger en Norvège.
- 2003, janvier : Le Boeing SU-ZCF subi une révision moteur par la SNECMA Morocco engine services. Un moteur de remplacement est loué et monté. L’ancien moteur est ensuite remonté sur l’avion, toujours en janvier.
- 2003, de janvier à février : révision de l’appareil SU-ZCD par Braathens .
- 2003, mars : l’appareil SU-ZCF reçoit un nouveau moteur installé par la SNECMA Morocco engine services. .
