Gérard Berry est le fils d'un commissaire de police et d'une enseignante. Il a deux frères ingénieurs, dont l'un, Michel Berry, a fait les mêmes écoles que lui.
Il est ancien élève de l'École polytechnique et ingénieur général des Mines. Après avoir obtenu le diplôme de l'Ecole des mines de Paris (1973), il reste rémunéré comme chercheur dans cette Ecole jusqu'en 2000, tout en poursuivant d'abord une thèse d'Etat en mathématiques (soutenue en 1979), puis en poursuivant des projets au sein de l'INRIA ou de l'Ecole des mines, d'abord à Rocquencourt, puis à Sophia-Antipolis. A partir de 1980, son principal axe de recherche est le développement du langage Esterel qui permet d'exprimer la synchronisation temporelle de tâches et de prouver leur bon déroulement.
De 2001 à 2009, il a été directeur scientifique d'Esterel Technologies.
Il est le titulaire de la chaire « Informatique et sciences numériques » du Collège de France, où il donne un cours appelé « Penser, modéliser et maîtriser le calcul ». Il a été en 2007-2008 le titulaire de la chaire d'innovation technologique Liliane Bettencourt du Collège de France, où il a donné un cours appelé « Pourquoi et comment le monde devient numérique ».
Il est actuellement également directeur de recherches, en détachement du corps des mines, à l'INRIA (Institut national de recherche en informatique et automatique), où il préside la commission d'évaluation de la recherche .