Son œuvre, qui reste hautement estimée parmi celles des grands peintres botaniques, fut très tôt appréciée par les savants. Georges Cuvier, qui prononça son éloge funèbre à l'Institut de France en 1822, y souligne le rôle joué par Van Spaendonck et ses émules dans l'histoire de l'iconographie naturaliste :
« Qui ne se souvient de l'imperfection et de la rareté des figures dans les ouvrages publiés encore au commencement du dernier siècle, et de la peine que le naturaliste avait à y reconnaître les espèces les plus communes ? Buffon même n'eut souvent que des planches incorrectement dessinées et grossièrement coloriées. Aujourd'hui des ouvrages nombreux et magnifiques ont multiplié à l'infini des images aussi reconnaissables que les originaux eux-mêmes. Les Redouté, les Huet, les Baraband, ont multiplié le Muséum d'histoire naturelle ; ils ont fourni en quelque sorte au monde entier des cabinets complets et portatifs ; et, nous pouvons en convenir sans honte, ce secours nouveau a contribué, autant que les travaux d'aucun de nous, à fixer la prééminence de notre pays dans les sciences naturelles. »
Les peintures florales de Van Spaendonck connurent également en leur temps un grand succès auprès du beau monde, ainsi qu'en témoigne cet article paru dans Le Magasin pittoresque en 1843 :
« Peu d'artistes ont été assez heureux pour voir leurs œuvres aussi rapidement et aussi constamment appréciées. L'admiration unanime que l'on professait pour ses moindres ébauches peut s'expliquer à quelques égards par les mœurs du temps. Ce goût des fleurs en peinture s'accordait parfaitement avec l'engouement pastoral qui s'était emparé des esprits dans la haute société. On sait quelle merveilleuse passion l'abus du luxe et des plaisirs de la cour et de la ville avait fait éclore pour les bergeries et les fleurs. Il semblait qu'il fût devenu impossible de vivre au milieu de cette atmosphère viciée sans y aspirer, au moins par l'imagination, un peu de l'air des champs et des parfums de la nature. Pendant plusieurs années, on ne vit plus sur les tabatières, sur les bonbonnières et les boîtes d'ornement que des bouquets peints par Van Spaendonck. »
Gérard van Spaendonck a eu entre autres pour élèves Pierre-Joseph Redouté, Alexandre Paul Joseph Véron, Pierre-Antoine Poiteau, Henriette Gertruide Knip, Jan Frans van Dael, Pancrace Bessa, Jean Henri Jaume Saint-Hilaire, Piat Joseph Sauvage, Charlotte Eustache Sophie de Faligny-Damas.
En 2006, l'écrivain Philippe Sollers lui a consacré son ouvrage Fleurs : Le grand roman de l'érotisme floral.