Au début des années 80 catholiques et anticommunistes s’étaient prononcés en faveur de la résolution double de l’OTAN. En septembre 1984, Gesine Schwan fut exclue de la commission des valeurs fondamentales de la SPD, car elle critiquait la complaisance dont son parti faisait preuve avec les régimes communistes. À ce moment, elle représentait une position opposée à celle de Willy Brandt qui, pensait-elle, ne s’opposait pas à la tendance de cette époque-là qui était de minimiser l’opposition entre démocratie et dictature en la regardant comme purement théorique. Ce n’est qu’en 1996, donc douze ans plus tard seulement, qu’elle fut réhabilitée par la SPD et de nouveau admise à la commission. De 1985 jusqu'à 1987, elle fut présidente de la Société Allemande pour les Sciences Politiques.
En 1993, la croix de 1 classe de l'Ordre du Mérite de la République fédérale lui fut conférée. Le 13 septembre 1999, le bourgmestre de Berlin en exercice, Eberhard Diepgen, lui donna la médaille Urania pour son travail en faveur de l'éducation du peuple et la formation des adultes.
Depuis le 1 octobre 1999, elle est présidente de l'Université européenne Viadrina à Francfort-sur-l’Oder. Son élection par le Sénat Académique du conseil des Universités du Brandebourg avait eu lieu un peu plus de deux mois auparavant, le 22 juillet 1999 ; quelques mois plus tôt, quand il s’était agi d’élire un président de l'Université libre de Berlin, elle avait été battue par un autre candidat, Peter Gaehtgens.
Le 16 janvier 2004, dans une interview à DeutschlandRadio de Berlin, elle jugeait que le débat en cours concernant les universités élitistes en Allemagne était à courte vue.