Le génome de l’herpèsvirus de type 7 contient 144 861 paires de base.
Le génome du HHV-7 s’apparente beaucoup à celui du HHV-6 : ils possèdent une organisation génomique semblable et ils présentent une composante unique, appelée U, qui est reliée par deux répétitions directes, DRL et DRR. La longueur de U est de 133 kpb, et de 6 kpb pour les DRs. Le fragment DRL-U-DRR est présent uniquement dans ses deux herpèsvirus chez les humains. La variation génomique entre HHV-6 et HHV-7 a été réalisée par des analyses d’hybridation d’enzyme de restriction, par du séquençage de nucléotide et par interactions d’anticorps monoclonaux.
Un motif commun qui est semblable aux séquences télomériques humaines (GGGTTA)n a été identifié à la fin du génome de HHV-7. À gauche du génome, on retrouve une séquence consensus homologue à tous les herpèsvirus, pac1, servant au clivage du génome et à son encapsidation. Cette séquence est suivie de motifs courts répétés de séquences télomériques, séparées par des brins uniques de 6 pb répétés. Tout ceci est contenu entre la terminaison gauche du génome et la jonction DRL-U, tandis qu’à la terminaison droite du génome, on retrouve un second signal d’empaquetage, pac-2, lui aussi contenu entre la terminaison de l’ADN et le DR-U, mais cette fois-ci à la droite du génome. Le pac-2 présente, comme pac-1, des coupures par des fragments d’ADN de 6 pb ou de 14pb. Ce dernier site est particulièrement important pour différencier HHV-6 et HHV-7(voir plus bas, Liens existants entre HHV-6 et HHV-7). Les séquences télomériques sont retrouvées au niveau de l’ORF H1 (qui est probablement un exon).
Le génome entier du HHV-7 (lignée JI) a été identifié R.Ruvolo et al par chevauchement de fragments génomiques obtenus par enzymes de restriction.
Le HHV-7 présente un haut taux de conservation des gènes qui codent pour les protéines et les fragments qui composent sa différence. La réplication de l’ADN viral est propre à chaque sous-groupe d’herpèsvirus. Les glycoprotéines sont encodées de la même façon par les alphaherpesvirinae, les betaherpesvirinae ainsi que le gammaherpesvirinae. Ainsi, le HHV-7 possède lui aussi les gènes très bien conservés qui codent pour les glycoprotéines G, H, L et M. Les éléments de traduction sont encodés par l’ORF US22. Les ORF U5/7 pourraient coder des fonctions de régulation uniques à HHV-7, mais rien à se sujet n’a été encore établi.
Glycoprotéine B
La glycoprotéine B(Gb) est impliquée dans le mécanisme de liaison cellule-cible/virus, et ce dans tous les herpèsvirus. Ce qui distingue la liaison du HHV-7, c’est que la gB se lie spécifiquement à l’héparane sulfate, un protéoglycan cellulaire essentiel pour infecter les cellules CD4+.
Polymorphisme
Il existe différents allèles pour les gènes de la glycoprotéine B, la phosphoprotéine p100 ainsi que pour la protéine majeure de la capside. Ces combinaisons ont permis d’établir une dizaine de variants (de Co1 à Co12) qui se retrouveront en concentrations différentes à travers le monde.
Lignées
Il existe plusieurs lignées différentes de HHV-7, dont la lignée JI, MUK et RK.