La silhouette des espèces d'hippopotames vivants est similaire, ils sont massifs, leurs pattes forment des piliers. Ils possèdent une grosse tête, une bouche large qui peut s'ouvrir selon un angle important, des incisives importantes qui peuvent mesurer plus de 60 cm chez les hippopotames amphibie mâles, leurs yeux et leurs oreilles sont placés en haut de la tête. Leurs narines peuvent se refermer par contraction, ce qui s'avère très pratique dans leur mode de vie amphibie : ils peuvent grâce à ce système éviter l'entrée d'eau dans leurs poumons quand ils se déplacent sous l'eau. Les hippopotames ne disposent pas de glandes sudoripares, ni d’aucun autre moyen pour réguler leur température interne. Leur peau est glabre et secrète une substance rougeâtre pour se protéger du soleil. Ce sont des ongulés.
Ces animaux sont principalement herbivores, les hippopotames nains ayant un régime alimentaire plus large que l'autre espèce.
Les deux espèces diffèrent notamment par la forme des oreilles, les arcades sourcilières sont beaucoup plus prononcées chez l'hippopotame amphibie. L'hippopotame commun est beaucoup plus grand puisqu'il mesure 1,50 mètre au garrot pour 3,50 mètres de longueur pour une masse de 1,4 à 3,2 tonnes alors que l'hippopotame nain ne mesure que 1 mètre au garrot pour 1,50 à 1,75 mètre de longueur et un poids de 170 à 275 kilogrammes. La morphologie des pattes est aussi différente, les doigts sont plus longs pour l'espèce naine, l'espèce est plus adaptée à la marche.
