L'incubation naturelle
La chaleur passe des parents aux œufs à travers une région de peau nue sur l'abdomen. L'incubation peut être une pratique énergiquement exigeante, les albatros adultes peuvent perdre plus de 80 grammes par jour.
Les temps d'incubation varient de 11 jours pour les petits passereaux, les Coulicous à bec noir ou à bec jaune à 21 jours pour la poule et plus de 80 jours pour l'Albatros hurleur ou le Kiwi brun de l'île du nord. Dans ces deux derniers cas, la couvaison est interrompue, la période ininterrompue la plus longue est celle du manchot empereur qui dure de 64 à 67 jours.
De très nombreuses espèces commencent la couvaison avant que la ponte soit complète ce qui a pour effet d'échelonner les éclosions.
L'accouvage
Les aviculteurs, lorsqu'il décident de rationaliser la production de petits (poussins, oisons, caneton) utilisent une technique permettant l'incubation artificielle ou accouvage. Le succès de l'incubation commence par la collecte méticuleuse des œufs dans les nids, par une bonne conservation des œufs avant l'incubation et enfin par le maintien de la température durant toute la durée de l'incubation. Du fait de la durée de couvaison, les œufs doivent être stockés en chambre froide et doivent régulièrement être retournés. Cette durée de stockage influe grandement sur l'éclosabilité des œufs. Une fumigation, protégeant l'œuf des agents pathogènes présents sur sa coquille augmente la chance de survie de l'œuf. Enfin, ils sont préchauffés avant d'être à proprement parler incubés. Les producteurs de poussins utilisent deux types d'appareillage pour l'incubation, les appareils d'incubation ventilée, et les appareils d'incubation statique, ces derniers étant plus rudimentaires. Durant l'incubation, les besoins de l'embryon en dioxygène sont élevés. Les œufs sont éventuellement mirés par les aviculteurs afin d'écarter les œufs morts.