Il a été fondé en 1994 par Alain Séraphine qui souhaitait faire évoluer le département animation du Village Titan devenu trop important.
C'est dans l'optique d'alimenter le marché local de l'emploi et notamment la SEM Pipangaï, plus important studio en cinéma d'animation d'Europe, que furent lancées les premières formations d'animateurs, de décorateurs, de storyboardeurs et de coloristes.
Dès ses débuts, l'ILOI bénéficie d'une expertise extérieure de choix en la qualité de Pierre Ayma, fondateur du département animation de Gobelins l'école de l'image. Les stagiaires formés intègreront également les studios d'Europe et du Canada (Nelvana, PMMP, Gaumont...) grâce aux réseaux de Gobelins, de Cartoon du programme européen Media et également du Festival international du film d'animation d'Annecy par l'intermédiaire de son directeur de l'époque, Jean-luc Xiberras. C'est dès ses débuts que l'ILOI reprend l'organisation du Carrefour de l'image de l'océan indien, biennale consacrée aux enjeux de l'image animée en passant par le numérique.
Plusieurs réalisateurs et animateurs de choix venus d'Europe et d'Asie interviendront sur ces formations, notamment René Borg, réalisateur entre autres de la première série d'épisodes des Shadock, directeur artistique d'Ulysse 31 et d'Il était une fois... l'Homme, Il était une fois... l'Espace...
En 1997, la formation en nouvelles technologies est lancée à travers la formation de "Concepteur réalisateur multimédia" d'une durée de deux ans, c'est le département Multimédia de Gobelins qui accepte le nouveau partenariat. Cette formation est validée comme pour les formations en animation par un certificat délivré par des professionnels du métier.
En 1999, Georges Lacroix, pionnier de la 3D en France, (qui fonda avec Renato et Jean-Yves Grall la société Fantôme à qui l'on doit les "Fables géométriques" avec Pierre Perret et la série '"Insektors") initie une formation d'infographiste animateur 3D d'une durée de deux ans au sein de l'ILOI. Le résultat est un succès, les films sont diffusés dans plusieurs festivals nationaux et internationaux.
En 2000, c'est vers les métiers du son et de l'audiovisuel que se lance l'ILOI.
En 2002 voit le jour la formation "Multimédia Informatique Communication", une licence professionnelle en multimédia, fruit du partenariat étroit entre ILOI, Gobelins et le département Hypermédia de l'université de Paris VIII.
Vient alors avec cette première initiative, une phase de changement profond de l'établissement. Souhaitant offrir à ses stagiaires les meilleures chances de trouver un emploi à court et à long terme, l'ILOI décide d'offrir à chacune des étapes de ses formations, une double validation professionnelle et universitaire.
En 2003 l'ILOI s'associe au CNAM et à l'université de La Réunion afin de délivrer des formations spécifiques aux métiers de l'image. En 2005 naît un nouveau partenariat entre l'ILOI et l'école supérieure du journalisme et de la communication de Marseille.